MetaCell / MetaCell/NetPyNE-UI

3D positions of cells being displayed incorrectly

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主要言語
JavaScript
スター
23
フォーク
10
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説明

This NeuroML file contains 2 cells, a basket cell on the left (at the origin) and a pyramidal cell on the right (at <location x="400.0" y="-200.0" z="0.0"/>). The soma of the pyramidal cell should be below the basket cell as shown in this export of the cell from NML (use: pynml -png TwoCell.net.nml, see here):

TwoCell net

However when this is imported into NetPyNE (e.g. by creating a workspace from https://v2.opensourcebrain.org/repositories/14 and importing the NML file above) the soma is above the basket cell (left below):

Screenshot 2023-12-19 at 16 19 43

The correct position seems to be in netpyne's memory, as the right panel shows its own 3D view, with the yellow dot on the right for the pyramidal cell at the right locaion.

Also a json file exported from the neuroml version has the right location: https://github.com/OpenSourceBrain/NetPyNEShowcase/blob/master/NetPyNE/TwoCells/LEMS_TwoCell_netpyne_data.json#L29

Is it possibly the issue is to do with the "ynorm": -2.0 linked above, as the y position looks like it is wrongly multiplied by -2?

コントリビューションガイド

このリポジトリのコントリビューションガイドは索引されていません

はじめの一歩

  1. issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
  2. 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
  3. リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
  4. issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。

調査の方向性

リンクされたリポジトリから workspace を作成し、NeuroML2/TwoCells/TwoCell.net.nml をインポートして、問題を再現します。表示された細胞の座標を NeuroML のエクスポートおよび NetPyNE/TwoCells/LEMS_TwoCell_netpyne_data.json と比較し、特に錐体細胞の y 位置と ynorm 値を確認します。インポートした 3D ビューで、ソースデータと一貫して錐体細胞の soma が basket cell の下に配置されれば完了です。

索引モデルが issue の本文から書いたものです。

評価

技術スタック
javascript
領域
computer-graphics, frontend
issue の種類
バグ
難易度
4/5
見積もり時間
3〜5日
活発さ
停滞
明瞭さ
おおむね明確
初心者へのやさしさ
42/100

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