MetaCell / MetaCell/NetPyNE-UI

3D positions of cells being displayed incorrectly

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JavaScript
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描述

This NeuroML file contains 2 cells, a basket cell on the left (at the origin) and a pyramidal cell on the right (at <location x="400.0" y="-200.0" z="0.0"/>). The soma of the pyramidal cell should be below the basket cell as shown in this export of the cell from NML (use: pynml -png TwoCell.net.nml, see here):

TwoCell net

However when this is imported into NetPyNE (e.g. by creating a workspace from https://v2.opensourcebrain.org/repositories/14 and importing the NML file above) the soma is above the basket cell (left below):

Screenshot 2023-12-19 at 16 19 43

The correct position seems to be in netpyne's memory, as the right panel shows its own 3D view, with the yellow dot on the right for the pyramidal cell at the right locaion.

Also a json file exported from the neuroml version has the right location: https://github.com/OpenSourceBrain/NetPyNEShowcase/blob/master/NetPyNE/TwoCells/LEMS_TwoCell_netpyne_data.json#L29

Is it possibly the issue is to do with the "ynorm": -2.0 linked above, as the y position looks like it is wrongly multiplied by -2?

贡献指南

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  1. 先读完整个 Issue,再读项目的贡献指南。
  2. 在 Issue 下留言说明你要接手 —— 这能避免两个人做同样的事。
  3. Fork 仓库,在一个分支上完成修改。
  4. 提交 Pull Request,并在描述里引用这个 Issue 编号。

调研方向

通过从链接的 repository 创建 workspace 并导入 NeuroML2/TwoCells/TwoCell.net.nml 来复现该问题。将显示的细胞坐标与 NeuroML 导出结果和 NetPyNE/TwoCells/LEMS_TwoCell_netpyne_data.json 进行比较,尤其关注 pyramidal cell 的 y 位置和 ynorm 值。当导入的 3D 视图根据源数据始终将 pyramidal soma 放置在 basket cell 下方时,即表示完成。

由索引模型根据 Issue 内容生成。

评估

技术栈
javascript
领域
computer-graphics, frontend
Issue 类型
缺陷
难度
4/5
预计耗时
3-5 天
活跃度
停滞
描述清晰度
基本清楚
新手友好度
42/100

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