MetaCell / MetaCell/NetPyNE-UI

3D positions of cells being displayed incorrectly

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Langage dominant
JavaScript
Étoiles
23
Forks
10
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Description

This [NeuroML file](https://github.com/OpenSourceBrain/NetPyNEShowcase/blob/master/NeuroML2/TwoCells/TwoCell.net.nml#L44) contains 2 cells, a basket cell on the left (at the origin) and a pyramidal cell on the right (at ``). The soma of the pyramidal cell should be below the basket cell as shown in this export of the cell from NML (use: `pynml -png TwoCell.net.nml`, see [here](https://docs.neuroml.org/Userdocs/VisualisingNeuroMLModels.html#view-the-3d-structure-of-your-model)):

![TwoCell net](https://github.com/MetaCell/NetPyNE-UI/assets/1556687/daa8ad79-b74a-447f-a2e8-b8a73a0ca630)

However when this is imported into NetPyNE (e.g. by creating a workspace from https://v2.opensourcebrain.org/repositories/14 and importing the NML file above) the soma is above the basket cell (left below):

![Screenshot 2023-12-19 at 16 19 43](https://github.com/MetaCell/NetPyNE-UI/assets/1556687/ce7764de-3757-4c51-b512-fc9b1c5b81db)

The correct position seems to be in netpyne's memory, as the right panel shows its own 3D view, with the yellow dot on the right for the pyramidal cell at the right locaion.

Also a json file exported from the neuroml version has the right location: https://github.com/OpenSourceBrain/NetPyNEShowcase/blob/master/NetPyNE/TwoCells/LEMS_TwoCell_netpyne_data.json#L29

Is it possibly the issue is to do with the `"ynorm": -2.0` linked above, as the y position looks like it is wrongly multiplied by -2?

Guide de contribution

Aucun guide de contribution indexé pour ce dépôt

Par où commencer

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Piste de recherche

Reproduisez le problème en créant un workspace à partir du dépôt lié et en important NeuroML2/TwoCells/TwoCell.net.nml. Comparez les coordonnées des cellules affichées avec l’export NeuroML et NetPyNE/TwoCells/LEMS_TwoCell_netpyne_data.json, en particulier la position y et la valeur ynorm de la cellule pyramidale. Le travail est considéré comme terminé lorsque la vue 3D importée place systématiquement le soma de la cellule pyramidale sous la cellule en panier, conformément aux données sources.

Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.

Évaluation

Stack technique
javascript
Domaine
computer-graphics, frontend
Type d'issue
Bug
Difficulté
4/5
Temps estimé
3-5 jours
Activité
À l'abandon
Clarté
Plutôt claire
Accessibilité débutants
42/100

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