MetaCell / MetaCell/NetPyNE-UI

3D positions of cells being displayed incorrectly

Aberta
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Linguagem predominante
JavaScript
Estrelas
23
Forks
10
Métricas de merge de PRs
Nenhum PR com merge em 30d

Descrição

This [NeuroML file](https://github.com/OpenSourceBrain/NetPyNEShowcase/blob/master/NeuroML2/TwoCells/TwoCell.net.nml#L44) contains 2 cells, a basket cell on the left (at the origin) and a pyramidal cell on the right (at ``). The soma of the pyramidal cell should be below the basket cell as shown in this export of the cell from NML (use: `pynml -png TwoCell.net.nml`, see [here](https://docs.neuroml.org/Userdocs/VisualisingNeuroMLModels.html#view-the-3d-structure-of-your-model)):

![TwoCell net](https://github.com/MetaCell/NetPyNE-UI/assets/1556687/daa8ad79-b74a-447f-a2e8-b8a73a0ca630)

However when this is imported into NetPyNE (e.g. by creating a workspace from https://v2.opensourcebrain.org/repositories/14 and importing the NML file above) the soma is above the basket cell (left below):

![Screenshot 2023-12-19 at 16 19 43](https://github.com/MetaCell/NetPyNE-UI/assets/1556687/ce7764de-3757-4c51-b512-fc9b1c5b81db)

The correct position seems to be in netpyne's memory, as the right panel shows its own 3D view, with the yellow dot on the right for the pyramidal cell at the right locaion.

Also a json file exported from the neuroml version has the right location: https://github.com/OpenSourceBrain/NetPyNEShowcase/blob/master/NetPyNE/TwoCells/LEMS_TwoCell_netpyne_data.json#L29

Is it possibly the issue is to do with the `"ynorm": -2.0` linked above, as the y position looks like it is wrongly multiplied by -2?

Guia de contribuição

Nenhum guia de contribuição indexado para este repositório

Primeiros passos

  1. Leia a issue inteira e depois o guia de contribuição do projeto.
  2. Comente na issue dizendo que vai assumir — evita que duas pessoas façam o mesmo trabalho.
  3. Faça um fork do repositório e trabalhe em uma branch.
  4. Abra um pull request que referencie o número da issue.

Direção de pesquisa

Reproduza o problema criando um workspace a partir do repositório vinculado e importando NeuroML2/TwoCells/TwoCell.net.nml. Compare as coordenadas das células exibidas com a exportação do NeuroML e NetPyNE/TwoCells/LEMS_TwoCell_netpyne_data.json, especialmente a posição y e o valor ynorm da célula piramidal. A tarefa estará concluída quando a visualização 3D importada posicionar consistentemente o soma da célula piramidal abaixo da célula em cesta, de acordo com os dados de origem.

Escrita pelo modelo de indexação a partir do texto da issue.

Avaliação

Stack de tecnologia
javascript
Domínio
computer-graphics, frontend
Tipo de issue
Bug
Dificuldade
4/5
Tempo estimado
3-5 dias
Status de atividade
Estagnada
Clareza
Razoavelmente clara
Facilidade para iniciantes
42/100

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