MetaCell / MetaCell/NetPyNE-UI

3D positions of cells being displayed incorrectly

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Lingua principale
JavaScript
Stelle
23
Fork
10
Metriche di merge delle PR
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Descrizione

This [NeuroML file](https://github.com/OpenSourceBrain/NetPyNEShowcase/blob/master/NeuroML2/TwoCells/TwoCell.net.nml#L44) contains 2 cells, a basket cell on the left (at the origin) and a pyramidal cell on the right (at ``). The soma of the pyramidal cell should be below the basket cell as shown in this export of the cell from NML (use: `pynml -png TwoCell.net.nml`, see [here](https://docs.neuroml.org/Userdocs/VisualisingNeuroMLModels.html#view-the-3d-structure-of-your-model)):

![TwoCell net](https://github.com/MetaCell/NetPyNE-UI/assets/1556687/daa8ad79-b74a-447f-a2e8-b8a73a0ca630)

However when this is imported into NetPyNE (e.g. by creating a workspace from https://v2.opensourcebrain.org/repositories/14 and importing the NML file above) the soma is above the basket cell (left below):

![Screenshot 2023-12-19 at 16 19 43](https://github.com/MetaCell/NetPyNE-UI/assets/1556687/ce7764de-3757-4c51-b512-fc9b1c5b81db)

The correct position seems to be in netpyne's memory, as the right panel shows its own 3D view, with the yellow dot on the right for the pyramidal cell at the right locaion.

Also a json file exported from the neuroml version has the right location: https://github.com/OpenSourceBrain/NetPyNEShowcase/blob/master/NetPyNE/TwoCells/LEMS_TwoCell_netpyne_data.json#L29

Is it possibly the issue is to do with the `"ynorm": -2.0` linked above, as the y position looks like it is wrongly multiplied by -2?

Guida per i contributori

Nessuna guida per i contributori indicizzata per questo repository

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

Direzione di ricerca

Riproduci il problema creando un workspace dal repository collegato e importando NeuroML2/TwoCells/TwoCell.net.nml. Confronta le coordinate delle cellule visualizzate con l’esportazione NeuroML e NetPyNE/TwoCells/LEMS_TwoCell_netpyne_data.json, in particolare la posizione y e il valore ynorm della cellula piramidale. Il lavoro è completato quando la vista 3D importata posiziona costantemente il soma della cellula piramidale sotto la cellula a canestro, in modo coerente con i dati di origine.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Valutazione

Stack tecnologico
javascript
Ambito
computer-graphics, frontend
Tipo di issue
Bug
Difficoltà
4/5
Tempo stimato
3-5 giorni
Stato di attività
Ferma
Chiarezza
Abbastanza chiara
Idoneità per principianti
42/100

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