MetaCell / MetaCell/NetPyNE-UI
3D positions of cells being displayed incorrectly
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- Lingua principale
- JavaScript
- Stelle
- 23
- Fork
- 10
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Descrizione
This [NeuroML file](https://github.com/OpenSourceBrain/NetPyNEShowcase/blob/master/NeuroML2/TwoCells/TwoCell.net.nml#L44) contains 2 cells, a basket cell on the left (at the origin) and a pyramidal cell on the right (at ``). The soma of the pyramidal cell should be below the basket cell as shown in this export of the cell from NML (use: `pynml -png TwoCell.net.nml`, see [here](https://docs.neuroml.org/Userdocs/VisualisingNeuroMLModels.html#view-the-3d-structure-of-your-model)):

However when this is imported into NetPyNE (e.g. by creating a workspace from https://v2.opensourcebrain.org/repositories/14 and importing the NML file above) the soma is above the basket cell (left below):

The correct position seems to be in netpyne's memory, as the right panel shows its own 3D view, with the yellow dot on the right for the pyramidal cell at the right locaion.
Also a json file exported from the neuroml version has the right location: https://github.com/OpenSourceBrain/NetPyNEShowcase/blob/master/NetPyNE/TwoCells/LEMS_TwoCell_netpyne_data.json#L29
Is it possibly the issue is to do with the `"ynorm": -2.0` linked above, as the y position looks like it is wrongly multiplied by -2?
Guida per i contributori
Nessuna guida per i contributori indicizzata per questo repository
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
Direzione di ricerca
Riproduci il problema creando un workspace dal repository collegato e importando NeuroML2/TwoCells/TwoCell.net.nml. Confronta le coordinate delle cellule visualizzate con l’esportazione NeuroML e NetPyNE/TwoCells/LEMS_TwoCell_netpyne_data.json, in particolare la posizione y e il valore ynorm della cellula piramidale. Il lavoro è completato quando la vista 3D importata posiziona costantemente il soma della cellula piramidale sotto la cellula a canestro, in modo coerente con i dati di origine.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Valutazione
- Stack tecnologico
- javascript
- Ambito
- computer-graphics, frontend
- Tipo di issue
- Bug
- Difficoltà
- 4/5
- Tempo stimato
- 3-5 giorni
- Stato di attività
- Ferma
- Chiarezza
- Abbastanza chiara
- Idoneità per principianti
- 42/100