MetaCell / MetaCell/NetPyNE-UI

3D positions of cells being displayed incorrectly

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Vorherrschende Sprache
JavaScript
Sterne
23
Forks
10
PR-Merge-Kennzahlen
Keine gemergten PRs in 30 T.

Beschreibung

This [NeuroML file](https://github.com/OpenSourceBrain/NetPyNEShowcase/blob/master/NeuroML2/TwoCells/TwoCell.net.nml#L44) contains 2 cells, a basket cell on the left (at the origin) and a pyramidal cell on the right (at ``). The soma of the pyramidal cell should be below the basket cell as shown in this export of the cell from NML (use: `pynml -png TwoCell.net.nml`, see [here](https://docs.neuroml.org/Userdocs/VisualisingNeuroMLModels.html#view-the-3d-structure-of-your-model)):

![TwoCell net](https://github.com/MetaCell/NetPyNE-UI/assets/1556687/daa8ad79-b74a-447f-a2e8-b8a73a0ca630)

However when this is imported into NetPyNE (e.g. by creating a workspace from https://v2.opensourcebrain.org/repositories/14 and importing the NML file above) the soma is above the basket cell (left below):

![Screenshot 2023-12-19 at 16 19 43](https://github.com/MetaCell/NetPyNE-UI/assets/1556687/ce7764de-3757-4c51-b512-fc9b1c5b81db)

The correct position seems to be in netpyne's memory, as the right panel shows its own 3D view, with the yellow dot on the right for the pyramidal cell at the right locaion.

Also a json file exported from the neuroml version has the right location: https://github.com/OpenSourceBrain/NetPyNEShowcase/blob/master/NetPyNE/TwoCells/LEMS_TwoCell_netpyne_data.json#L29

Is it possibly the issue is to do with the `"ynorm": -2.0` linked above, as the y position looks like it is wrongly multiplied by -2?

Beitragsleitfaden

Für dieses Repository ist kein Beitragsleitfaden indexiert

Erste Schritte

  1. Lies das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
  2. Schreib ins Issue, dass du es übernimmst — das erspart doppelte Arbeit.
  3. Forke das Repository und arbeite in einem Branch.
  4. Öffne einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.

Rechercherichtung

Reproduziere das Problem, indem du einen Workspace aus dem verlinkten Repository erstellst und NeuroML2/TwoCells/TwoCell.net.nml importierst. Vergleiche die angezeigten Zellkoordinaten mit dem NeuroML-Export und NetPyNE/TwoCells/LEMS_TwoCell_netpyne_data.json, insbesondere die y-Position und den ynorm-Wert der Pyramidenzelle. Erledigt ist die Aufgabe, wenn die importierte 3D-Ansicht das Soma der Pyramidenzelle konsistent unterhalb der Korbzelle platziert.

Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.

Bewertung

Tech-Stack
javascript
Bereich
computer-graphics, frontend
Issue-Typ
Bug
Schwierigkeit
4/5
Geschätzter Aufwand
3-5 Tage
Aktivitätsstatus
Veraltet
Klarheit
Größtenteils klar
Anfängerfreundlichkeit
42/100

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