MetaCell / MetaCell/NetPyNE-UI

Add option for display/editing of cell list

Đang mở
#214 0 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

enhancement
Ngôn ngữ chính
JavaScript
Star
23
Fork
10
Chỉ số merge pull request
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Mô tả

Specifying a list of cell positions is a standard feature of NetPyNE populations, and will be crucial for loading/displaying NeuroML models, where the positions are generated in NeuroML (e.g. with pyNeuroML or NeuroMLlite) and exported to NetPyNE using "cellsList" in the popParams element, e.g. https://github.com/OpenSourceBrain/NetPyNEShowcase/blob/0fa6c7032d9b2984f169d48773e573e16b9a8505/NetPyNE/UI/HHCellNetwork.txt.json#L99.

However this is not curently supported by the UI. The cellList etc. is probably loaded in the background by netpyne core, and possibly used for generation (although possibly not, see https://github.com/MetaCell/NetPyNE-UI/issues/213), but the user can't see this. Adding this feature in the UI will make NML imported models (and an other models that use cellList) more transparent & reproducible.

Screenshot 2021-02-24 at 12 24 42

Hướng dẫn đóng góp

Chưa lập chỉ mục được hướng dẫn đóng góp cho kho mã nguồn này

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Hướng nghiên cứu

Bắt đầu bằng cách theo dõi cách NetPyNE-UI tải và chỉnh sửa các tham số quần thể, đặc biệt là trường cellsList trong popParams. Xem lại issue #213 và ví dụ NetPyNEShowcase được liên kết để hiểu liệu danh sách chỉ được tải hay cũng được sử dụng trong quá trình tạo. Công việc được xem là hoàn tất khi người dùng có thể xem và chỉnh sửa vị trí tế bào trong UI, đồng thời các giá trị vẫn minh bạch và có thể tái lập đối với các mô hình NeuroML được nhập.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Đánh giá

Công nghệ
javascript
Lĩnh vực
frontend
Loại issue
Tính năng
Độ khó
4/5
Thời gian dự kiến
3-5 ngày
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức phù hợp với người mới
38/100

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.