MetaCell / MetaCell/NetPyNE-UI

Add option for display/editing of cell list

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enhancement
Lenguaje dominante
JavaScript
Estrellas
23
Forks
10
Métricas de merge de PR
Sin PR fusionados en 30 d

Descripción

Specifying a list of cell positions is a standard feature of NetPyNE populations, and will be crucial for loading/displaying NeuroML models, where the positions are generated in NeuroML (e.g. with pyNeuroML or NeuroMLlite) and exported to NetPyNE using "cellsList" in the popParams element, e.g. https://github.com/OpenSourceBrain/NetPyNEShowcase/blob/0fa6c7032d9b2984f169d48773e573e16b9a8505/NetPyNE/UI/HHCellNetwork.txt.json#L99.

However this is not curently supported by the UI. The cellList etc. is probably loaded in the background by netpyne core, and possibly used for generation (although possibly not, see https://github.com/MetaCell/NetPyNE-UI/issues/213), but the user can't see this. Adding this feature in the UI will make NML imported models (and an other models that use cellList) more transparent & reproducible.

Screenshot 2021-02-24 at 12 24 42

Guía de contribución

No hay ninguna guía de contribución indexada para este repositorio

Primeros pasos

  1. Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
  2. Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
  3. Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
  4. Abre un pull request que haga referencia al número del issue.

Línea de trabajo

Empieza siguiendo cómo NetPyNE-UI carga y edita los parámetros de población, especialmente el campo cellsList en popParams. Revisa el issue #213 y el ejemplo de NetPyNEShowcase enlazado para entender si la lista solo se carga o también se utiliza durante la generación. Se considera terminado cuando los usuarios pueden ver y editar las posiciones de las células en la UI y los valores siguen siendo transparentes y reproducibles para los modelos NeuroML importados.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Evaluación

Stack tecnológico
javascript
Área
frontend
Tipo de issue
Nueva funcionalidad
Dificultad
4/5
Tiempo estimado
3-5 días
Estado de actividad
Estancado
Claridad
Bastante claro
Aptitud para principiantes
38/100

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