MetaCell / MetaCell/NetPyNE-UI

Add option for display/editing of cell list

Aberta
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enhancement
Linguagem predominante
JavaScript
Estrelas
23
Forks
10
Métricas de merge de PRs
Nenhum PR com merge em 30d

Descrição

Specifying a list of cell positions is a standard feature of NetPyNE populations, and will be crucial for loading/displaying NeuroML models, where the positions are generated in NeuroML (e.g. with pyNeuroML or NeuroMLlite) and exported to NetPyNE using "cellsList" in the popParams element, e.g. https://github.com/OpenSourceBrain/NetPyNEShowcase/blob/0fa6c7032d9b2984f169d48773e573e16b9a8505/NetPyNE/UI/HHCellNetwork.txt.json#L99.

However this is not curently supported by the UI. The cellList etc. is probably loaded in the background by netpyne core, and possibly used for generation (although possibly not, see https://github.com/MetaCell/NetPyNE-UI/issues/213), but the user can't see this. Adding this feature in the UI will make NML imported models (and an other models that use cellList) more transparent & reproducible.

Screenshot 2021-02-24 at 12 24 42

Guia de contribuição

Nenhum guia de contribuição indexado para este repositório

Primeiros passos

  1. Leia a issue inteira e depois o guia de contribuição do projeto.
  2. Comente na issue dizendo que vai assumir — evita que duas pessoas façam o mesmo trabalho.
  3. Faça um fork do repositório e trabalhe em uma branch.
  4. Abra um pull request que referencie o número da issue.

Direção de pesquisa

Comece rastreando como o NetPyNE-UI carrega e edita os parâmetros de população, especialmente o campo cellsList em popParams. Revise a issue #213 e o exemplo vinculado do NetPyNEShowcase para entender se a lista é apenas carregada ou também usada durante a geração. A tarefa estará concluída quando os usuários puderem ver e editar as posições das células na UI e os valores permanecerem transparentes e reproduzíveis para modelos NeuroML importados.

Escrita pelo modelo de indexação a partir do texto da issue.

Avaliação

Stack de tecnologia
javascript
Domínio
frontend
Tipo de issue
Funcionalidade
Dificuldade
4/5
Tempo estimado
3-5 dias
Status de atividade
Estagnada
Clareza
Razoavelmente clara
Facilidade para iniciantes
38/100

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