MetaCell / MetaCell/NetPyNE-UI

Add option for display/editing of cell list

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enhancement
Lingua principale
JavaScript
Stelle
23
Fork
10
Metriche di merge delle PR
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Descrizione

Specifying a list of cell positions is a standard feature of NetPyNE populations, and will be crucial for loading/displaying NeuroML models, where the positions are generated in NeuroML (e.g. with pyNeuroML or NeuroMLlite) and exported to NetPyNE using "cellsList" in the popParams element, e.g. https://github.com/OpenSourceBrain/NetPyNEShowcase/blob/0fa6c7032d9b2984f169d48773e573e16b9a8505/NetPyNE/UI/HHCellNetwork.txt.json#L99.

However this is not curently supported by the UI. The cellList etc. is probably loaded in the background by netpyne core, and possibly used for generation (although possibly not, see https://github.com/MetaCell/NetPyNE-UI/issues/213), but the user can't see this. Adding this feature in the UI will make NML imported models (and an other models that use cellList) more transparent & reproducible.

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Guida per i contributori

Nessuna guida per i contributori indicizzata per questo repository

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

Direzione di ricerca

Inizia tracciando il modo in cui NetPyNE-UI carica e modifica i parametri delle popolazioni, in particolare il campo cellsList in popParams. Esamina l’issue #213 e l’esempio NetPyNEShowcase collegato per capire se la lista viene solo caricata o viene anche utilizzata durante la generazione. Il lavoro è completato quando gli utenti possono vedere e modificare le posizioni delle cellule nella UI e i valori rimangono trasparenti e riproducibili per i modelli NeuroML importati.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Valutazione

Stack tecnologico
javascript
Ambito
frontend
Tipo di issue
Funzionalità
Difficoltà
4/5
Tempo stimato
3-5 giorni
Stato di attività
Ferma
Chiarezza
Abbastanza chiara
Idoneità per principianti
38/100

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