MetaCell / MetaCell/NetPyNE-UI

Add option for display/editing of cell list

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enhancement
主要言語
JavaScript
スター
23
フォーク
10
PR マージ指標
30日以内にマージされた PR はありません

説明

Specifying a list of cell positions is a standard feature of NetPyNE populations, and will be crucial for loading/displaying NeuroML models, where the positions are generated in NeuroML (e.g. with pyNeuroML or NeuroMLlite) and exported to NetPyNE using "cellsList" in the popParams element, e.g. https://github.com/OpenSourceBrain/NetPyNEShowcase/blob/0fa6c7032d9b2984f169d48773e573e16b9a8505/NetPyNE/UI/HHCellNetwork.txt.json#L99.

However this is not curently supported by the UI. The cellList etc. is probably loaded in the background by netpyne core, and possibly used for generation (although possibly not, see https://github.com/MetaCell/NetPyNE-UI/issues/213), but the user can't see this. Adding this feature in the UI will make NML imported models (and an other models that use cellList) more transparent & reproducible.

Screenshot 2021-02-24 at 12 24 42

コントリビューションガイド

このリポジトリのコントリビューションガイドは索引されていません

はじめの一歩

  1. issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
  2. 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
  3. リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
  4. issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。

調査の方向性

まず、NetPyNE-UI が集団パラメータ、特に popParams の cellsList フィールドをどのように読み込み、編集するかを追跡します。リストが読み込まれるだけなのか、それとも生成時にも使用されるのかを理解するため、issue #213 とリンクされている NetPyNEShowcase の例を確認します。完了の条件は、ユーザーが UI で細胞の位置を確認および編集でき、インポートした NeuroML モデルについて値の透明性と再現性が保たれることです。

索引モデルが issue の本文から書いたものです。

評価

技術スタック
javascript
領域
frontend
issue の種類
機能追加
難易度
4/5
見積もり時間
3〜5日
活発さ
停滞
明瞭さ
おおむね明確
初心者へのやさしさ
38/100

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