Maybe wfdb should not read .{dat,hea,...}, instead it should be possible to directly give file contents to wfdb.
Chưa có ai nhận issue này.
- Ngôn ngữ chính
- Jupyter Notebook
- Star
- 853
- Fork
- 322
- Chỉ số merge pull request
- Không có pull request nào được merge trong 30 ngày
Mô tả
The fact that wfdb read files for you and that you don't have to open the file is nice, but when your files are not on the local filesystem it is much more complicated to open those files with wfdb.
For example:
Let's say all my files are on Hadoop HDFS (which is actually the case), the only way to access them in python is using a library such as hdfs3 (https://github.com/dask/hdfs3):
with hdfs.open('/user/data/100.dat') as f:
content = f.read()
# I am now forced by wfdb to write the contents to a temporary file in the local filesystem to then open it with wfdb...
I know it would be very annoying to modify the current implementation of wfdb but I have the feeling it would be better to let the user choose its own way to give .{dat, hea, ...} contents to wfdb.
The way I see this:
- You have the wfdb-python library that only takes contents as input
- You have helper functions (downloads from physionet and read the contents for you)
Do you see a better solution?
Hướng dẫn đóng góp
Chưa lập chỉ mục được hướng dẫn đóng góp cho kho mã nguồn này
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Hướng nghiên cứu
Issue không xác định tệp mã nguồn hay bài kiểm thử nào. Hãy bắt đầu bằng cách lần theo các điểm vào đọc của wfdb và cách chúng mở các tệp .dat, .hea cùng các tệp liên quan, sau đó so sánh luồng đó với ví dụ hdfs3. Công việc được xem là hoàn tất khi wfdb có thể tiếp nhận nội dung tệp được cung cấp từ bên ngoài mà không yêu cầu một tệp tạm thời cục bộ.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Đánh giá
- Công nghệ
- hadoop, python
- Lĩnh vực
- data-engineering
- Loại issue
- Tính năng
- Độ khó
- 5/5
- Thời gian dự kiến
- Hơn một tuần
- Mức độ hoạt động
- Đình trệ
- Độ rõ ràng
- Cần làm rõ
- Mức phù hợp với người mới
- 25/100