MIT-LCP / MIT-LCP/wfdb-python

Maybe wfdb should not read .{dat,hea,...}, instead it should be possible to directly give file contents to wfdb.

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enhancement
Lenguaje dominante
Jupyter Notebook
Estrellas
853
Forks
322
Métricas de merge de PR
Sin PR fusionados en 30 d

Descripción

The fact that wfdb read files for you and that you don't have to open the file is nice, but when your files are not on the local filesystem it is much more complicated to open those files with wfdb.
For example:
Let's say all my files are on Hadoop HDFS (which is actually the case), the only way to access them in python is using a library such as hdfs3 (https://github.com/dask/hdfs3):

with hdfs.open('/user/data/100.dat') as f:
    content = f.read()
# I am now forced by wfdb to write the contents to a temporary file in the local filesystem to then open it with wfdb...

I know it would be very annoying to modify the current implementation of wfdb but I have the feeling it would be better to let the user choose its own way to give .{dat, hea, ...} contents to wfdb.
The way I see this:

  1. You have the wfdb-python library that only takes contents as input
  2. You have helper functions (downloads from physionet and read the contents for you)

Do you see a better solution?

Guía de contribución

No hay ninguna guía de contribución indexada para este repositorio

Primeros pasos

  1. Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
  2. Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
  3. Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
  4. Abre un pull request que haga referencia al número del issue.

Línea de trabajo

En el issue no se identifica ningún archivo fuente ni ninguna prueba. Empieza rastreando los puntos de entrada de lectura de wfdb y cómo abren los archivos .dat, .hea y los archivos relacionados; después compara ese flujo con el ejemplo de hdfs3. La tarea estará terminada cuando wfdb pueda aceptar contenido de archivos proporcionado externamente sin requerir un archivo temporal local.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Evaluación

Stack tecnológico
hadoop, python
Área
data-engineering
Tipo de issue
Nueva funcionalidad
Dificultad
5/5
Tiempo estimado
Más de una semana
Estado de actividad
Estancado
Claridad
Necesita aclaración
Aptitud para principiantes
25/100

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