MIT-LCP / MIT-LCP/wfdb-python

Maybe wfdb should not read .{dat,hea,...}, instead it should be possible to directly give file contents to wfdb.

Offen
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enhancement
Vorherrschende Sprache
Jupyter Notebook
Sterne
853
Forks
322
PR-Merge-Kennzahlen
Keine gemergten PRs in 30 T.

Beschreibung

The fact that wfdb read files for you and that you don't have to open the file is nice, but when your files are not on the local filesystem it is much more complicated to open those files with wfdb.
For example:
Let's say all my files are on Hadoop HDFS (which is actually the case), the only way to access them in python is using a library such as hdfs3 (https://github.com/dask/hdfs3):

with hdfs.open('/user/data/100.dat') as f:
    content = f.read()
# I am now forced by wfdb to write the contents to a temporary file in the local filesystem to then open it with wfdb...

I know it would be very annoying to modify the current implementation of wfdb but I have the feeling it would be better to let the user choose its own way to give .{dat, hea, ...} contents to wfdb.
The way I see this:

  1. You have the wfdb-python library that only takes contents as input
  2. You have helper functions (downloads from physionet and read the contents for you)

Do you see a better solution?

Beitragsleitfaden

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Erste Schritte

  1. Lies das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
  2. Schreib ins Issue, dass du es übernimmst — das erspart doppelte Arbeit.
  3. Forke das Repository und arbeite in einem Branch.
  4. Öffne einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.

Rechercherichtung

In der Issue ist keine Quelldatei und kein Test angegeben. Beginne damit, die Einstiegspunkte zum Lesen von wfdb und die Art nachzuverfolgen, wie sie die Dateien .dat, .hea und zugehörige Dateien öffnen, und vergleiche diesen Ablauf anschließend mit dem hdfs3-Beispiel. Als erledigt gilt die Aufgabe, wenn wfdb extern bereitgestellte Dateiinhalte akzeptieren kann, ohne eine lokale temporäre Datei zu benötigen.

Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.

Bewertung

Tech-Stack
hadoop, python
Bereich
data-engineering
Issue-Typ
Feature
Schwierigkeit
5/5
Geschätzter Aufwand
Über eine Woche
Aktivitätsstatus
Veraltet
Klarheit
Muss geklärt werden
Anfängerfreundlichkeit
25/100

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