MIT-LCP / MIT-LCP/wfdb-python

Maybe wfdb should not read .{dat,hea,...}, instead it should be possible to directly give file contents to wfdb.

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enhancement
Lingua principale
Jupyter Notebook
Stelle
853
Fork
322
Metriche di merge delle PR
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Descrizione

The fact that wfdb read files for you and that you don't have to open the file is nice, but when your files are not on the local filesystem it is much more complicated to open those files with wfdb.
For example:
Let's say all my files are on Hadoop HDFS (which is actually the case), the only way to access them in python is using a library such as hdfs3 (https://github.com/dask/hdfs3):

with hdfs.open('/user/data/100.dat') as f:
    content = f.read()
# I am now forced by wfdb to write the contents to a temporary file in the local filesystem to then open it with wfdb...

I know it would be very annoying to modify the current implementation of wfdb but I have the feeling it would be better to let the user choose its own way to give .{dat, hea, ...} contents to wfdb.
The way I see this:

  1. You have the wfdb-python library that only takes contents as input
  2. You have helper functions (downloads from physionet and read the contents for you)

Do you see a better solution?

Guida per i contributori

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Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

Direzione di ricerca

Nell'issue non sono identificati né un file sorgente né un test. Inizia tracciando i punti di ingresso di lettura di wfdb e il modo in cui aprono i file .dat, .hea e quelli correlati, quindi confronta questo flusso con l'esempio hdfs3. Il lavoro sarà considerato completato quando wfdb potrà accettare contenuti di file forniti esternamente senza richiedere un file temporaneo locale.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Valutazione

Stack tecnologico
hadoop, python
Ambito
data-engineering
Tipo di issue
Funzionalità
Difficoltà
5/5
Tempo stimato
Più di una settimana
Stato di attività
Ferma
Chiarezza
Da chiarire
Idoneità per principianti
25/100

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