MIT-LCP / MIT-LCP/wfdb-python

Maybe wfdb should not read .{dat,hea,...}, instead it should be possible to directly give file contents to wfdb.

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enhancement
主要言語
Jupyter Notebook
スター
853
フォーク
322
PR マージ指標
30日以内にマージされた PR はありません

説明

The fact that wfdb read files for you and that you don't have to open the file is nice, but when your files are not on the local filesystem it is much more complicated to open those files with wfdb.
For example:
Let's say all my files are on Hadoop HDFS (which is actually the case), the only way to access them in python is using a library such as hdfs3 (https://github.com/dask/hdfs3):

with hdfs.open('/user/data/100.dat') as f:
    content = f.read()
# I am now forced by wfdb to write the contents to a temporary file in the local filesystem to then open it with wfdb...

I know it would be very annoying to modify the current implementation of wfdb but I have the feeling it would be better to let the user choose its own way to give .{dat, hea, ...} contents to wfdb.
The way I see this:

  1. You have the wfdb-python library that only takes contents as input
  2. You have helper functions (downloads from physionet and read the contents for you)

Do you see a better solution?

コントリビューションガイド

このリポジトリのコントリビューションガイドは索引されていません

はじめの一歩

  1. issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
  2. 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
  3. リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
  4. issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。

調査の方向性

issue では、ソースファイルもテストも特定されていません。まず wfdb の読み取りエントリーポイントと、.dat、.hea、および関連ファイルをどのように開いているかを追跡し、その後、そのフローを hdfs3 の例と比較してください。wfdb がローカルの一時ファイルを必要とせず、外部から提供されたファイル内容を受け付けられれば完了です。

索引モデルが issue の本文から書いたものです。

評価

技術スタック
hadoop, python
領域
data-engineering
issue の種類
機能追加
難易度
5/5
見積もり時間
1週間以上
活発さ
停滞
明瞭さ
説明が足りない
初心者へのやさしさ
25/100

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