Remove duplicate errors from `dab validate`

When i run the cli using the config file created in this test, i see duplicates of the errors Aaron mentions. While I understand that the errors may be sourced from different places, this makes the errors pretty noisy if there are duplicates..
- "Table Definition for Book has not been inferred" -> appears twice

_Originally posted by @seantleonard in https://github.com/Azure/data-api-builder/pull/2100#discussion_r1535912828_

まず、参照されているテストで作成された設定ファイルを使って `dab validate` を再現し、次に、報告された検証エラーが異なるソースからどのように収集されているかを調べます。重複したメッセージ（“Table Definition for Book has not been inferred” など）が1回だけ表示され、異なるエラーは引き続き表示されれば作業は完了です。

索引モデルが issue の本文から書いたものです。