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core rendering canvas and data loading services for Vol-E volume viewer

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High quality visualization for volumetric image data

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Part 1 of Allen Cell and Structure Segmenter: classic image segmentation workflow

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Analysis of data produced by cvapipe for the variance paper

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A plugin that enables image segmentation provided by Allen Institute for Cell Science

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scripts and API for running Deep Learning models from segmenter

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Benchmarking different methods for extracting unsupervised representations from images

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Napari plugin for ml segmentation

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Dynamics of ML-based morphological features indicate a shear stress-dependent bifurcation of hiPSC-derived endothelial cell states

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Plot and explore data that is linked to images, with an embedded viewer

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This repo contains code for EMT deliverable data analysis and has dependencies associated with output from EMT_image_analysis repo.

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Core algorithms for alignment of two-camera microscopy imagery

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Frontend interface for cellPACK

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Cell catalog 2.0

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オープンすべて

オープンの issue を 465 件索引しました

improve ROI setting オープン

AllenCell/agave#44 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月13日に索引
automatic lighting shortcuts/presets オープン

AllenCell/agave#45 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月13日に索引
linux release bundle オープン

AllenCell/agave#46 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月13日に索引
improve opacity for overlapping structures オープン

AllenCell/agave#47 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月13日に索引
resolution scaling for viewport/renderer, for fast preview renders オープン

AllenCell/agave#48 · コメント 1 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月13日に索引
log to gui window オープン

AllenCell/agave#49 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月13日に索引
ROI clipping doesn't clip everything オープン

AllenCell/agave#51 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月13日に索引
pause/resume progressive rendering オープン

AllenCell/agave#52 · コメント 2 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月13日に索引
skylight with environment map オープン

AllenCell/agave#53 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月13日に索引
downsample data at load time オープン

AllenCell/agave#54 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月13日に索引
allow channel masking オープン

AllenCell/agave#58 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月13日に索引
auto-threshold based on middle slice オープン

AllenCell/agave#59 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月13日に索引
colors in transfer function editor オープン

AllenCell/agave#60 · コメント 1 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月13日に索引
webserver mode: websocket heartbeat ping オープン

AllenCell/agave#61 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月13日に索引
app logo implementation? (duplicated issue) オープン

AllenCell/agave#74 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 1 名 · 2026年9月13日に索引
internals: setState api and efficient render updates オープン

Tech Debt

AllenCell/vole-core#90 · コメント 3 件 · リアクション 0 件 · 担当者 1 名 · 2026年9月13日に索引
Allow 2D XY slices to progressively refine オープン

data-loading

AllenCell/vole-core#115 · コメント 2 件 · リアクション 0 件 · 担当者 1 名 · 2026年9月13日に索引
Update method comments to use docstrings オープン

AllenCell/vole-core#120 · コメント 3 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月13日に索引
Do not convert XY slices to 8bit at fetch time オープン

AllenCell/vole-core#121 · コメント 1 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月13日に索引
Allow cache entries to be prioritized オープン

data-loading

AllenCell/vole-core#155 · コメント 1 件 · リアクション 0 件 · 担当者 1 名 · 2026年9月13日に索引
Don't load disabled channels オープン

AllenCell/vole-core#158 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 1 名 · 2026年9月13日に索引
use setChannelOptions more オープン

milestone candidate Tech Debt

AllenCell/vole-core#159 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月13日に索引
if channel only has one single intensity, then div by zero occurs オープン

bug

AllenCell/vole-core#200 · コメント 2 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月13日に索引
"Invalid host header" problem when connecting to VolumeViewer オープン

AllenCell/vole-core#214 · コメント 3 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月13日に索引
Error: multiscale level does not fit in preferred memory footprint オープン

data-loading

AllenCell/vole-core#217 · コメント 4 件 · リアクション 0 件 · 担当者 1 名 · 2026年9月13日に索引
Using OME-TIFF files generated from FIJI オープン

bug

AllenCell/vole-core#218 · コメント 2 件 · リアクション 0 件 · 担当者 1 名 · 2026年9月13日に索引
OffscreenCanvas not supported on old browsers オープン

bug

AllenCell/vole-core#235 · コメント 1 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月13日に索引
isosurface does not crop to roi crop region (3d viewer) オープン

bug

AllenCell/vole-core#363 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月13日に索引
Prefetch/cache controls オープン

data-loading

AllenCell/vole-core#248 · コメント 1 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月13日に索引
Record MP4 video オープン

enhancement

AllenCell/vole-core#249 · コメント 1 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月13日に索引
improvements to caching and request queue オープン

data-loading Tech Debt

AllenCell/vole-core#250 · コメント 1 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月13日に索引
refactor: remove Box3 from LoadSpec オープン

Tech Debt

AllenCell/vole-core#254 · コメント 3 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月13日に索引
API: atlasTileDims can be optional sometimes オープン

Tech Debt

AllenCell/vole-core#258 · コメント 1 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月13日に索引
idea: add option to ignore zero-intensity pixels オープン

AllenCell/vole-core#271 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月13日に索引
Add automated import sorting オープン

AllenCell/vole-core#273 · コメント 1 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月13日に索引
NPM publish action runs on any branch (not limited to `main`) オープン

bug

AllenCell/vole-core#292 · コメント 2 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月13日に索引
image loads in vizarr but not in vol-e due to CORS オープン

bug

AllenCell/vole-core#293 · コメント 3 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月13日に索引
Change `three` to a peer dependency オープン

Tech Debt

AllenCell/vole-core#303 · コメント 1 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月13日に索引
Transfer function internals オープン

AllenCell/vole-core#308 · コメント 2 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月13日に索引
Include scale bar and timestamp in screenshots オープン

AllenCell/vole-core#309 · コメント 3 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月13日に索引
Allow arbitrary metadata fields to be displayed as overlays on the canvas オープン

milestone candidate ux

AllenCell/vole-core#310 · コメント 1 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月13日に索引
"Profile curve" tool オープン

milestone candidate

AllenCell/vole-core#311 · コメント 2 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月13日に索引
Keep volume when camera clips into bounding box オープン

enhancement

AllenCell/vole-core#322 · コメント 2 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月13日に索引
Pick buffer is noisy when orthogonal to volume Z axis オープン

bug

AllenCell/vole-core#330 · コメント 2 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月13日に索引
don't multiply canvas size with devicePixelRatio オープン

AllenCell/vole-core#337 · コメント 1 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月13日に索引
Use < 256 bins when data range is smaller than 256 オープン

enhancement

AllenCell/vole-core#339 · コメント 1 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月13日に索引
Expose metadata from all sources in multi-source Zarrs オープン

bug

AllenCell/vole-core#341 · コメント 1 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月13日に索引
Segmentation outline is incorrect when objects are hidden オープン

bug

AllenCell/vole-core#357 · コメント 1 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月13日に索引
Handle `label` data in OME-Zarr オープン

enhancement

AllenCell/vole-core#358 · コメント 1 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月13日に索引
orthographic camera in 3D mode オープン

AllenCell/vole-core#365 · コメント 2 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月13日に索引

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