AllenCell / AllenCell/vole-core

Handle `label` data in OME-Zarr

Đang mở
#358 1 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub
enhancement
Ngôn ngữ chính
TypeScript
Star
106
Fork
11
Merge trung bình
3 ngày 51 phút
Pull request đã merge (30 ngày)
12

Mô tả

## Use Case

Max was trying to visualize an OME-Zarr in TFE that has a nested `labels` group, which contains segmentations. Segmentations/labels have the same dimensions as the original Zarr image, but there can be multiple of them.

The structure looks like this:
- `data.zarr`
- .zattrs
- .zgroup
- 0
- 1
- 2
- ...
- `labels`
- `cell`
- .zattrs
- 0
- 1
- 2
- ...
- `nuclei`
- .zattrs
- 0
- 1
- ...

I'm trying to find the exact spec, but he mentioned that he's following the `v0.4` spec.
https://ome-zarr.readthedocs.io/en/stable/python.html#writing-labels

It would be great if we could visualize these in Vol-E! Maybe as additional channels?

## Solution

_Please describe your ideal solution_

## Alternatives

_Please describe any alternatives you've considered, even if you've dismissed them_

Hướng dẫn đóng góp

Mở hướng dẫn đóng góp

Đánh giá

Issue này chưa được đánh giá.

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.