ggplotly not working when plotting circular ggtree
Chưa có ai nhận issue này.
- Ngôn ngữ chính
- R
- Star
- 2.7k
- Fork
- 641
- Chỉ số merge pull request
- Không có pull request nào được merge trong 30 ngày
Mô tả
Hello,
When I try to plot through ggplotly a graph generated through ggree with circular layout it results in a error.
Example code and error:
library(MicrobiotaProcess)
library(ggtree)
data(kostic2012crc)
taxa <- tax_table(kostic2012crc)
tree <- as.treedata(taxa, include.rownames=TRUE)
ggtree(tree, layout="circular", size=0.2) +
geom_tiplab(size=1) ->p
plotly::ggplotly(p)
ERROR:
Error in rng[[xy]]$get_labels() : attempt to apply non-function
In addition: Warning messages:
1: In min(z[["x"]]$dimension %()% z$x.range %||% z$x_range) :
no non-missing arguments to min; returning Inf
2: In max(z[["x"]]$dimension %()% z$x.range %||% z$x_range) :
no non-missing arguments to max; returning -Inf
3: In min(z[["y"]]$dimension %()% z$y.range %||% z$y_range) :
no non-missing arguments to min; returning Inf
4: In max(z[["y"]]$dimension %()% z$y.range %||% z$y_range) :
no non-missing arguments to max; returning -Inf
5: In geom2trace.default(dots[[1L]][[1L]], dots[[2L]][[1L]], dots[[3L]][[1L]]) :
geom_GeomTextGGtree() has yet to be implemented in plotly.
If you'd like to see this geom implemented,
Please open an issue with your example code at
https://github.com/ropensci/plotly/issues
6: In geom2trace.default(dots[[1L]][[1L]], dots[[2L]][[1L]], dots[[3L]][[1L]]) :
geom_GeomTextGGtree() has yet to be implemented in plotly.
If you'd like to see this geom implemented,
Please open an issue with your example code at
https://github.com/ropensci/plotly/issues
When I try with ggtree(tree, layout="dendrogram", size=0.2) +
geom_tiplab(size=1) ->p
plotly::ggplotly(p)
It works.
It seems that it does not like the circular format.
Any tips?
Thanks
Hướng dẫn đóng góp
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Hướng nghiên cứu
Bắt đầu bằng cách tái hiện ví dụ được báo cáo với plotly::ggplotly(), ggtree(tree, layout="circular") và geom_tiplab(). So sánh nó với bố cục dendrogram đang hoạt động và kiểm tra cảnh báo geom_GeomTextGGtree. Được xem là hoàn thành khi biểu đồ tròn chuyển đổi mà không có lỗi và cảnh báo đã nêu, đồng thời vẫn giữ nguyên các nhãn.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Đánh giá
- Công nghệ
- r
- Lĩnh vực
- data-visualization
- Loại issue
- Lỗi
- Độ khó
- 4/5
- Thời gian dự kiến
- 3-5 ngày
- Mức độ hoạt động
- Đình trệ
- Độ rõ ràng
- Khá rõ ràng
- Mức phù hợp với người mới
- 35/100