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ggplotly not working when plotting circular ggtree

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R
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描述

Hello,

When I try to plot through ggplotly a graph generated through ggree with circular layout it results in a error.

Example code and error:

library(MicrobiotaProcess)
library(ggtree)

data(kostic2012crc)

taxa <- tax_table(kostic2012crc)
tree <- as.treedata(taxa, include.rownames=TRUE)

ggtree(tree, layout="circular", size=0.2) +
geom_tiplab(size=1) ->p

plotly::ggplotly(p)

ERROR:
Error in rng[[xy]]$get_labels() : attempt to apply non-function
In addition: Warning messages:
1: In min(z[["x"]]$dimension %()% z$x.range %||% z$x_range) :
no non-missing arguments to min; returning Inf
2: In max(z[["x"]]$dimension %()% z$x.range %||% z$x_range) :
no non-missing arguments to max; returning -Inf
3: In min(z[["y"]]$dimension %()% z$y.range %||% z$y_range) :
no non-missing arguments to min; returning Inf
4: In max(z[["y"]]$dimension %()% z$y.range %||% z$y_range) :
no non-missing arguments to max; returning -Inf
5: In geom2trace.default(dots[[1L]][[1L]], dots[[2L]][[1L]], dots[[3L]][[1L]]) :
geom_GeomTextGGtree() has yet to be implemented in plotly.
If you'd like to see this geom implemented,
Please open an issue with your example code at
https://github.com/ropensci/plotly/issues
6: In geom2trace.default(dots[[1L]][[1L]], dots[[2L]][[1L]], dots[[3L]][[1L]]) :
geom_GeomTextGGtree() has yet to be implemented in plotly.
If you'd like to see this geom implemented,
Please open an issue with your example code at
https://github.com/ropensci/plotly/issues

When I try with ggtree(tree, layout="dendrogram", size=0.2) +
geom_tiplab(size=1) ->p

plotly::ggplotly(p)

It works.

It seems that it does not like the circular format.

Any tips?

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调研方向

首先,使用 plotly::ggplotly()、ggtree(tree, layout="circular") 和 geom_tiplab() 重现报告中的示例。将其与正常工作的树状图布局进行比较,并检查 geom_GeomTextGGtree 警告。在保留标签的同时,圆形图能够转换且不出现报告中的错误和警告,即表示完成。

由索引模型根据 Issue 内容生成。

评估

技术栈
r
领域
data-visualization
Issue 类型
缺陷
难度
4/5
预计耗时
3-5 天
活跃度
停滞
描述清晰度
基本清楚
新手友好度
35/100

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