ggplotly not working when plotting circular ggtree
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Descripción
Hello,
When I try to plot through ggplotly a graph generated through ggree with circular layout it results in a error.
Example code and error:
library(MicrobiotaProcess)
library(ggtree)
data(kostic2012crc)
taxa <- tax_table(kostic2012crc)
tree <- as.treedata(taxa, include.rownames=TRUE)
ggtree(tree, layout="circular", size=0.2) +
geom_tiplab(size=1) ->p
plotly::ggplotly(p)
ERROR:
Error in rng[[xy]]$get_labels() : attempt to apply non-function
In addition: Warning messages:
1: In min(z[["x"]]$dimension %()% z$x.range %||% z$x_range) :
no non-missing arguments to min; returning Inf
2: In max(z[["x"]]$dimension %()% z$x.range %||% z$x_range) :
no non-missing arguments to max; returning -Inf
3: In min(z[["y"]]$dimension %()% z$y.range %||% z$y_range) :
no non-missing arguments to min; returning Inf
4: In max(z[["y"]]$dimension %()% z$y.range %||% z$y_range) :
no non-missing arguments to max; returning -Inf
5: In geom2trace.default(dots[[1L]][[1L]], dots[[2L]][[1L]], dots[[3L]][[1L]]) :
geom_GeomTextGGtree() has yet to be implemented in plotly.
If you'd like to see this geom implemented,
Please open an issue with your example code at
https://github.com/ropensci/plotly/issues
6: In geom2trace.default(dots[[1L]][[1L]], dots[[2L]][[1L]], dots[[3L]][[1L]]) :
geom_GeomTextGGtree() has yet to be implemented in plotly.
If you'd like to see this geom implemented,
Please open an issue with your example code at
https://github.com/ropensci/plotly/issues
When I try with ggtree(tree, layout="dendrogram", size=0.2) +
geom_tiplab(size=1) ->p
plotly::ggplotly(p)
It works.
It seems that it does not like the circular format.
Any tips?
Thanks
Guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
Línea de trabajo
Comienza reproduciendo el ejemplo reportado con plotly::ggplotly(), ggtree(tree, layout="circular") y geom_tiplab(). Compáralo con el diseño de dendrograma que funciona e inspecciona la advertencia de geom_GeomTextGGtree. Se considera terminado cuando el gráfico circular se convierte sin el error ni las advertencias reportados, conservando las etiquetas.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Evaluación
- Stack tecnológico
- r
- Área
- data-visualization
- Tipo de issue
- Error
- Dificultad
- 4/5
- Tiempo estimado
- 3-5 días
- Estado de actividad
- Estancado
- Claridad
- Bastante claro
- Aptitud para principiantes
- 35/100