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ggplotly not working when plotting circular ggtree

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Lingua principale
R
Stelle
2.7k
Fork
641
Metriche di merge delle PR
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Descrizione

Hello,

When I try to plot through ggplotly a graph generated through ggree with circular layout it results in a error.

Example code and error:

library(MicrobiotaProcess)
library(ggtree)

data(kostic2012crc)

taxa <- tax_table(kostic2012crc)
tree <- as.treedata(taxa, include.rownames=TRUE)

ggtree(tree, layout="circular", size=0.2) +
geom_tiplab(size=1) ->p

plotly::ggplotly(p)

ERROR:
Error in rng[[xy]]$get_labels() : attempt to apply non-function
In addition: Warning messages:
1: In min(z[["x"]]$dimension %()% z$x.range %||% z$x_range) :
no non-missing arguments to min; returning Inf
2: In max(z[["x"]]$dimension %()% z$x.range %||% z$x_range) :
no non-missing arguments to max; returning -Inf
3: In min(z[["y"]]$dimension %()% z$y.range %||% z$y_range) :
no non-missing arguments to min; returning Inf
4: In max(z[["y"]]$dimension %()% z$y.range %||% z$y_range) :
no non-missing arguments to max; returning -Inf
5: In geom2trace.default(dots[[1L]][[1L]], dots[[2L]][[1L]], dots[[3L]][[1L]]) :
geom_GeomTextGGtree() has yet to be implemented in plotly.
If you'd like to see this geom implemented,
Please open an issue with your example code at
https://github.com/ropensci/plotly/issues
6: In geom2trace.default(dots[[1L]][[1L]], dots[[2L]][[1L]], dots[[3L]][[1L]]) :
geom_GeomTextGGtree() has yet to be implemented in plotly.
If you'd like to see this geom implemented,
Please open an issue with your example code at
https://github.com/ropensci/plotly/issues

When I try with ggtree(tree, layout="dendrogram", size=0.2) +
geom_tiplab(size=1) ->p

plotly::ggplotly(p)

It works.

It seems that it does not like the circular format.

Any tips?

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Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
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Direzione di ricerca

Inizia riproducendo l’esempio segnalato con plotly::ggplotly(), ggtree(tree, layout="circular") e geom_tiplab(). Confrontalo con il layout del dendrogramma funzionante e analizza l’avviso di geom_GeomTextGGtree. Il lavoro è completato quando il grafico circolare viene convertito senza l’errore e gli avvisi segnalati, mantenendo le etichette.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Valutazione

Stack tecnologico
r
Ambito
data-visualization
Tipo di issue
Bug
Difficoltà
4/5
Tempo stimato
3-5 giorni
Stato di attività
Ferma
Chiarezza
Abbastanza chiara
Idoneità per principianti
35/100

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