plotly / plotly/plotly.R

ggplotly not working when plotting circular ggtree

Ouverte
#2,241 0 commentaires 0 réactions 0 personnes assignées Voir sur GitHub

Personne n'a encore pris cette issue.

Langage dominant
R
Étoiles
2.7k
Forks
641
Métriques de merge des PR
Aucune PR mergée en 30 j

Description

Hello,

When I try to plot through ggplotly a graph generated through ggree with circular layout it results in a error.

Example code and error:

library(MicrobiotaProcess)
library(ggtree)

data(kostic2012crc)

taxa <- tax_table(kostic2012crc)
tree <- as.treedata(taxa, include.rownames=TRUE)

ggtree(tree, layout="circular", size=0.2) +
geom_tiplab(size=1) ->p

plotly::ggplotly(p)

ERROR:
Error in rng[[xy]]$get_labels() : attempt to apply non-function
In addition: Warning messages:
1: In min(z[["x"]]$dimension %()% z$x.range %||% z$x_range) :
no non-missing arguments to min; returning Inf
2: In max(z[["x"]]$dimension %()% z$x.range %||% z$x_range) :
no non-missing arguments to max; returning -Inf
3: In min(z[["y"]]$dimension %()% z$y.range %||% z$y_range) :
no non-missing arguments to min; returning Inf
4: In max(z[["y"]]$dimension %()% z$y.range %||% z$y_range) :
no non-missing arguments to max; returning -Inf
5: In geom2trace.default(dots[[1L]][[1L]], dots[[2L]][[1L]], dots[[3L]][[1L]]) :
geom_GeomTextGGtree() has yet to be implemented in plotly.
If you'd like to see this geom implemented,
Please open an issue with your example code at
https://github.com/ropensci/plotly/issues
6: In geom2trace.default(dots[[1L]][[1L]], dots[[2L]][[1L]], dots[[3L]][[1L]]) :
geom_GeomTextGGtree() has yet to be implemented in plotly.
If you'd like to see this geom implemented,
Please open an issue with your example code at
https://github.com/ropensci/plotly/issues

When I try with ggtree(tree, layout="dendrogram", size=0.2) +
geom_tiplab(size=1) ->p

plotly::ggplotly(p)

It works.

It seems that it does not like the circular format.

Any tips?

Thanks

Guide de contribution

Ouvrir le guide de contribution

Par où commencer

  1. Lisez l'issue en entier, puis le guide de contribution du projet.
  2. Signalez en commentaire que vous la prenez — cela évite que deux personnes fassent le même travail.
  3. Forkez le dépôt et travaillez sur une branche.
  4. Ouvrez une pull request qui référence le numéro de l'issue.

Piste de recherche

Commencez par reproduire l’exemple signalé avec plotly::ggplotly(), ggtree(tree, layout="circular") et geom_tiplab(). Comparez-le avec la disposition de dendrogramme fonctionnelle et examinez l’avertissement de geom_GeomTextGGtree. Le travail est terminé lorsque le graphique circulaire est converti sans l’erreur ni les avertissements signalés, tout en conservant les étiquettes.

Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.

Évaluation

Stack technique
r
Domaine
data-visualization
Type d'issue
Bug
Difficulté
4/5
Temps estimé
3-5 jours
Activité
À l'abandon
Clarté
Plutôt claire
Accessibilité débutants
35/100

Recevez les nouvelles issues par e-mail

Un résumé court des issues GitHub adaptées aux débutants.