blekhmanlab / blekhmanlab/MicroBioMap

Taxonomic levels Genus names at Family rank

オープン
#13 コメント 1 件 リアクション 0 件 担当者 0 名 GitHub で見る
主要言語
R
スター
17
フォーク
3
PR マージ指標
30日以内にマージされた PR はありません

説明

Dear Authors,
Congrats on this huge task and thanks for creating this resource.
When exploring the data at family level, I noticed an issue regarding taxonomy that was highlighted couple of year back in the dada2 silva database. I am not sure if the source database used in this study is from this repository but there seems to be the same issue.
https://github.com/mikemc/dada2-reference-databases/issues/1

```
# BiocManager::install('seandavi/MicroBioMap')
library(MicroBioMap)
library(mia)
library(dplyr)
cpd <- getCompendium()
saveRDS(cpd, 'MicroBioMapDataTSE.rds')

vcpd <- mia::subsetByPrevalentFeatures(cpd,
detection=0.0001,
prevalence=0.01,
as_relative = TRUE)

dplyr::count(as.data.frame(rowData(vcpd)), family)

```
examples of genus level names at family level are Anaerococcus, Ezakiella, Finegoldia, Parvimonas, Peptoniphilus etc

Best wishes,
Sudarshan

コントリビューションガイド

このリポジトリのコントリビューションガイドは索引されていません

調査の方向性

まず、R スニペットを使って getCompendium() と rowData(vcpd) で科レベルの件数を再現し、次に分類体系のソースをリンクされた dada2-reference-databases の issue と比較します。Anaerococcus や Finegoldia などの名前が科レベルで誤って割り当てられているかどうかを判断し、影響を受ける分類体系を文書化または修正できれば完了です。

索引モデルが issue の本文から書いたものです。

評価

技術スタック
r
領域
data
issue の種類
バグ
難易度
4/5
見積もり時間
3〜5日
活発さ
停滞
明瞭さ
おおむね明確
初心者へのやさしさ
25/100

新しい issue をメールで受け取る

初心者向けの GitHub issue を短くまとめたダイジェスト。