blekhmanlab / blekhmanlab/MicroBioMap
Taxonomic levels Genus names at Family rank
- 主要言語
- R
- スター
- 17
- フォーク
- 3
- PR マージ指標
- 30日以内にマージされた PR はありません
説明
Dear Authors,
Congrats on this huge task and thanks for creating this resource.
When exploring the data at family level, I noticed an issue regarding taxonomy that was highlighted couple of year back in the dada2 silva database. I am not sure if the source database used in this study is from this repository but there seems to be the same issue.
https://github.com/mikemc/dada2-reference-databases/issues/1
```
# BiocManager::install('seandavi/MicroBioMap')
library(MicroBioMap)
library(mia)
library(dplyr)
cpd <- getCompendium()
saveRDS(cpd, 'MicroBioMapDataTSE.rds')
vcpd <- mia::subsetByPrevalentFeatures(cpd,
detection=0.0001,
prevalence=0.01,
as_relative = TRUE)
dplyr::count(as.data.frame(rowData(vcpd)), family)
```
examples of genus level names at family level are Anaerococcus, Ezakiella, Finegoldia, Parvimonas, Peptoniphilus etc
Best wishes,
Sudarshan
コントリビューションガイド
このリポジトリのコントリビューションガイドは索引されていません
調査の方向性
まず、R スニペットを使って getCompendium() と rowData(vcpd) で科レベルの件数を再現し、次に分類体系のソースをリンクされた dada2-reference-databases の issue と比較します。Anaerococcus や Finegoldia などの名前が科レベルで誤って割り当てられているかどうかを判断し、影響を受ける分類体系を文書化または修正できれば完了です。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
評価
- 技術スタック
- r
- 領域
- data
- issue の種類
- バグ
- 難易度
- 4/5
- 見積もり時間
- 3〜5日
- 活発さ
- 停滞
- 明瞭さ
- おおむね明確
- 初心者へのやさしさ
- 25/100