blekhmanlab / blekhmanlab/MicroBioMap
Taxonomic levels Genus names at Family rank
- Lenguaje dominante
- R
- Estrellas
- 17
- Forks
- 3
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Descripción
Dear Authors,
Congrats on this huge task and thanks for creating this resource.
When exploring the data at family level, I noticed an issue regarding taxonomy that was highlighted couple of year back in the dada2 silva database. I am not sure if the source database used in this study is from this repository but there seems to be the same issue.
https://github.com/mikemc/dada2-reference-databases/issues/1
```
# BiocManager::install('seandavi/MicroBioMap')
library(MicroBioMap)
library(mia)
library(dplyr)
cpd <- getCompendium()
saveRDS(cpd, 'MicroBioMapDataTSE.rds')
vcpd <- mia::subsetByPrevalentFeatures(cpd,
detection=0.0001,
prevalence=0.01,
as_relative = TRUE)
dplyr::count(as.data.frame(rowData(vcpd)), family)
```
examples of genus level names at family level are Anaerococcus, Ezakiella, Finegoldia, Parvimonas, Peptoniphilus etc
Best wishes,
Sudarshan
Guía de contribución
No hay ninguna guía de contribución indexada para este repositorio
Línea de trabajo
Comienza reproduciendo los recuentos a nivel de familia con getCompendium() y rowData(vcpd) usando el fragmento de R, y después compara la fuente de taxonomía con el issue vinculado de dada2-reference-databases. Se considera terminado cuando se haya determinado si nombres como Anaerococcus y Finegoldia están asignados incorrectamente a nivel de familia y se haya documentado o corregido la taxonomía afectada.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Evaluación
- Stack tecnológico
- r
- Área
- data
- Tipo de issue
- Error
- Dificultad
- 4/5
- Tiempo estimado
- 3-5 días
- Estado de actividad
- Estancado
- Claridad
- Bastante claro
- Aptitud para principiantes
- 25/100