blekhmanlab / blekhmanlab/MicroBioMap

Taxonomic levels Genus names at Family rank

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Vorherrschende Sprache
R
Sterne
17
Forks
3
PR-Merge-Kennzahlen
Keine gemergten PRs in 30 T.

Beschreibung

Dear Authors,
Congrats on this huge task and thanks for creating this resource.
When exploring the data at family level, I noticed an issue regarding taxonomy that was highlighted couple of year back in the dada2 silva database. I am not sure if the source database used in this study is from this repository but there seems to be the same issue.
https://github.com/mikemc/dada2-reference-databases/issues/1

```
# BiocManager::install('seandavi/MicroBioMap')
library(MicroBioMap)
library(mia)
library(dplyr)
cpd <- getCompendium()
saveRDS(cpd, 'MicroBioMapDataTSE.rds')

vcpd <- mia::subsetByPrevalentFeatures(cpd,
detection=0.0001,
prevalence=0.01,
as_relative = TRUE)

dplyr::count(as.data.frame(rowData(vcpd)), family)

```
examples of genus level names at family level are Anaerococcus, Ezakiella, Finegoldia, Parvimonas, Peptoniphilus etc

Best wishes,
Sudarshan

Beitragsleitfaden

Für dieses Repository ist kein Beitragsleitfaden indexiert

Rechercherichtung

Beginne damit, die Zählungen auf Familienebene mit getCompendium() und rowData(vcpd) anhand des R-Snippets zu reproduzieren, und vergleiche dann die Taxonomiequelle mit dem verlinkten dada2-reference-databases-Issue. Erledigt ist die Aufgabe, wenn festgestellt wurde, ob Namen wie Anaerococcus und Finegoldia auf Familienebene fälschlicherweise zugewiesen sind, und die betroffene Taxonomie dokumentiert oder korrigiert wurde.

Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.

Bewertung

Tech-Stack
r
Bereich
data
Issue-Typ
Bug
Schwierigkeit
4/5
Geschätzter Aufwand
3-5 Tage
Aktivitätsstatus
Veraltet
Klarheit
Größtenteils klar
Anfängerfreundlichkeit
25/100

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