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Taxonomic levels Genus names at Family rank

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Lingua principale
R
Stelle
17
Fork
3
Metriche di merge delle PR
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Descrizione

Dear Authors,
Congrats on this huge task and thanks for creating this resource.
When exploring the data at family level, I noticed an issue regarding taxonomy that was highlighted couple of year back in the dada2 silva database. I am not sure if the source database used in this study is from this repository but there seems to be the same issue.
https://github.com/mikemc/dada2-reference-databases/issues/1

```
# BiocManager::install('seandavi/MicroBioMap')
library(MicroBioMap)
library(mia)
library(dplyr)
cpd <- getCompendium()
saveRDS(cpd, 'MicroBioMapDataTSE.rds')

vcpd <- mia::subsetByPrevalentFeatures(cpd,
detection=0.0001,
prevalence=0.01,
as_relative = TRUE)

dplyr::count(as.data.frame(rowData(vcpd)), family)

```
examples of genus level names at family level are Anaerococcus, Ezakiella, Finegoldia, Parvimonas, Peptoniphilus etc

Best wishes,
Sudarshan

Guida per i contributori

Nessuna guida per i contributori indicizzata per questo repository

Direzione di ricerca

Inizia riproducendo i conteggi a livello di famiglia con getCompendium() e rowData(vcpd) usando lo snippet R, quindi confronta la fonte della tassonomia con l’issue collegata di dada2-reference-databases. Il lavoro è completato quando è stato determinato se nomi come Anaerococcus e Finegoldia sono assegnati in modo errato a livello di famiglia e la tassonomia interessata è stata documentata o corretta.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Valutazione

Stack tecnologico
r
Ambito
data
Tipo di issue
Bug
Difficoltà
4/5
Tempo stimato
3-5 giorni
Stato di attività
Ferma
Chiarezza
Abbastanza chiara
Idoneità per principianti
25/100

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