blekhmanlab / blekhmanlab/MicroBioMap
Taxonomic levels Genus names at Family rank
- Lingua principale
- R
- Stelle
- 17
- Fork
- 3
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Descrizione
Dear Authors,
Congrats on this huge task and thanks for creating this resource.
When exploring the data at family level, I noticed an issue regarding taxonomy that was highlighted couple of year back in the dada2 silva database. I am not sure if the source database used in this study is from this repository but there seems to be the same issue.
https://github.com/mikemc/dada2-reference-databases/issues/1
```
# BiocManager::install('seandavi/MicroBioMap')
library(MicroBioMap)
library(mia)
library(dplyr)
cpd <- getCompendium()
saveRDS(cpd, 'MicroBioMapDataTSE.rds')
vcpd <- mia::subsetByPrevalentFeatures(cpd,
detection=0.0001,
prevalence=0.01,
as_relative = TRUE)
dplyr::count(as.data.frame(rowData(vcpd)), family)
```
examples of genus level names at family level are Anaerococcus, Ezakiella, Finegoldia, Parvimonas, Peptoniphilus etc
Best wishes,
Sudarshan
Guida per i contributori
Nessuna guida per i contributori indicizzata per questo repository
Direzione di ricerca
Inizia riproducendo i conteggi a livello di famiglia con getCompendium() e rowData(vcpd) usando lo snippet R, quindi confronta la fonte della tassonomia con l’issue collegata di dada2-reference-databases. Il lavoro è completato quando è stato determinato se nomi come Anaerococcus e Finegoldia sono assegnati in modo errato a livello di famiglia e la tassonomia interessata è stata documentata o corretta.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Valutazione
- Stack tecnologico
- r
- Ambito
- data
- Tipo di issue
- Bug
- Difficoltà
- 4/5
- Tempo stimato
- 3-5 giorni
- Stato di attività
- Ferma
- Chiarezza
- Abbastanza chiara
- Idoneità per principianti
- 25/100