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Taxonomic levels Genus names at Family rank

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Langage dominant
R
Étoiles
17
Forks
3
Métriques de merge des PR
Aucune PR mergée en 30 j

Description

Dear Authors,
Congrats on this huge task and thanks for creating this resource.
When exploring the data at family level, I noticed an issue regarding taxonomy that was highlighted couple of year back in the dada2 silva database. I am not sure if the source database used in this study is from this repository but there seems to be the same issue.
https://github.com/mikemc/dada2-reference-databases/issues/1

```
# BiocManager::install('seandavi/MicroBioMap')
library(MicroBioMap)
library(mia)
library(dplyr)
cpd <- getCompendium()
saveRDS(cpd, 'MicroBioMapDataTSE.rds')

vcpd <- mia::subsetByPrevalentFeatures(cpd,
detection=0.0001,
prevalence=0.01,
as_relative = TRUE)

dplyr::count(as.data.frame(rowData(vcpd)), family)

```
examples of genus level names at family level are Anaerococcus, Ezakiella, Finegoldia, Parvimonas, Peptoniphilus etc

Best wishes,
Sudarshan

Guide de contribution

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Piste de recherche

Commencez par reproduire les décomptes au niveau des familles avec getCompendium() et rowData(vcpd) à l’aide de l’extrait R, puis comparez la source de la taxonomie avec l’issue liée de dada2-reference-databases. La tâche est terminée lorsqu’il a été déterminé si des noms tels que Anaerococcus et Finegoldia sont incorrectement attribués au niveau de la famille, et que la taxonomie concernée a été documentée ou corrigée.

Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.

Évaluation

Stack technique
r
Domaine
data
Type d'issue
Bug
Difficulté
4/5
Temps estimé
3-5 jours
Activité
À l'abandon
Clarté
Plutôt claire
Accessibilité débutants
25/100

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