blekhmanlab / blekhmanlab/MicroBioMap
Taxonomic levels Genus names at Family rank
- Langage dominant
- R
- Étoiles
- 17
- Forks
- 3
- Métriques de merge des PR
- Aucune PR mergée en 30 j
Description
Dear Authors,
Congrats on this huge task and thanks for creating this resource.
When exploring the data at family level, I noticed an issue regarding taxonomy that was highlighted couple of year back in the dada2 silva database. I am not sure if the source database used in this study is from this repository but there seems to be the same issue.
https://github.com/mikemc/dada2-reference-databases/issues/1
```
# BiocManager::install('seandavi/MicroBioMap')
library(MicroBioMap)
library(mia)
library(dplyr)
cpd <- getCompendium()
saveRDS(cpd, 'MicroBioMapDataTSE.rds')
vcpd <- mia::subsetByPrevalentFeatures(cpd,
detection=0.0001,
prevalence=0.01,
as_relative = TRUE)
dplyr::count(as.data.frame(rowData(vcpd)), family)
```
examples of genus level names at family level are Anaerococcus, Ezakiella, Finegoldia, Parvimonas, Peptoniphilus etc
Best wishes,
Sudarshan
Guide de contribution
Aucun guide de contribution indexé pour ce dépôt
Piste de recherche
Commencez par reproduire les décomptes au niveau des familles avec getCompendium() et rowData(vcpd) à l’aide de l’extrait R, puis comparez la source de la taxonomie avec l’issue liée de dada2-reference-databases. La tâche est terminée lorsqu’il a été déterminé si des noms tels que Anaerococcus et Finegoldia sont incorrectement attribués au niveau de la famille, et que la taxonomie concernée a été documentée ou corrigée.
Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.
Évaluation
- Stack technique
- r
- Domaine
- data
- Type d'issue
- Bug
- Difficulté
- 4/5
- Temps estimé
- 3-5 jours
- Activité
- À l'abandon
- Clarté
- Plutôt claire
- Accessibilité débutants
- 25/100