Remove Python 3.8 and 3.9

I have started the removal in #2700, but noticed that a proper removal may require more thinking about how to do this without breaking transitive deps still setting/using 3.8. Probably this ticket will involve bumping protobuf or similar deps to avoid transitive deps using 3.8.

EDIT: Since from 2025 October 3.9 is EOL, we should remove 3.9 as well.

issue #2700ですでに開始されている削除を確認し、その後、どの推移的依存関係が依然として Python 3.8 または 3.9 を設定または使用しているかを追跡します。両方のバージョンが、それらの依存関係を壊すことなく削除され、必要に応じて protobuf などの依存関係も更新されれば、作業は完了です。

索引モデルが issue の本文から書いたものです。