RosettaCommons/RFdiffusion

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Code for running RFdiffusion

Stelle: 3.1k
Fork: 644
Issue aperte per principianti: 0
Issue indicizzate: 222

Lingua principale: Python
Licenza: Nessun dato sulla licenza
Ultimo push su GitHub: 15/7/2026
Ultima indicizzazione: 20/9/2026
Guida per i contributori: Nessuna guida per i contributori
Codice di condotta: Nessun codice di condotta
Label per principianti: Nessuna label per principianti indicizzata
Metriche di merge delle PR: Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Adatte ai principianti Tutto

Aperta Tutte

222 issue aperte indicizzate

Designing a symmetric binder Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

RosettaCommons/RFdiffusion#456 · 3 commenti · Aperta il 8/6/2026
Two-sided partial diffusion with sequence gaps? Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100

RosettaCommons/RFdiffusion#453 · 1 commento · Aperta il 18/5/2026
RF diffusion colab- RMSD Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100

RosettaCommons/RFdiffusion#449 · Aperta il 3/4/2026
5070Ti cuda error Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

RosettaCommons/RFdiffusion#444 · 6 commenti · Aperta il 17/3/2026
Deformation of coordinate space Aperta

question

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

RosettaCommons/RFdiffusion#443 · Aperta il 24/2/2026
Job crash (Segmentation fault) during run Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

RosettaCommons/RFdiffusion#442 · Aperta il 20/2/2026
Contradiction between RFD3 design and AF3 prediction Aperta

question

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

RosettaCommons/RFdiffusion#440 · 3 commenti · Aperta il 27/1/2026
How to make it work properly on CUDA 13 with an RTX 5090? Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 15/100

RosettaCommons/RFdiffusion#439 · 1 commento · Aperta il 14/1/2026
The Colab notebook Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 42/100

RosettaCommons/RFdiffusion#438 · 2 commenti · Aperta il 9/1/2026
Numpy problem when running with Docker Aperta

RosettaCommons/RFdiffusion#435 · 3 commenti · 1 assegnatario · Aperta il 12/12/2025
The cyclic peptides generated by RFdiffusion are not closed. Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

RosettaCommons/RFdiffusion#434 · 1 commento · Aperta il 8/12/2025
Error: Multiple chain IDs in chain: {'A', 'B'} Aperta

RosettaCommons/RFdiffusion#432 · 3 reazioni · 1 assegnatario · Aperta il 6/12/2025
Primary config directory not found. Aperta

RosettaCommons/RFdiffusion#431 · 6 commenti · 1 assegnatario · Aperta il 3/12/2025
With symmetry, Hydra throws minor warning Aperta

Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 55/100

RosettaCommons/RFdiffusion#427 · Aperta il 23/11/2025
Seeking guidance on hotspot specification and unexpected results Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100

RosettaCommons/RFdiffusion#423 · 2 commenti · Aperta il 18/11/2025
outdated requirements, how to install on cuda 12.x and python 3.11 or later ? Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

RosettaCommons/RFdiffusion#422 · 1 commento · 1 reazione · Aperta il 17/11/2025
Installation support for Windows / WSL users (CUDA, DGL, cu117 issues) Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

RosettaCommons/RFdiffusion#421 · 1 commento · Aperta il 13/11/2025
How to generate multiple helices instead of one long helix when extending a protein backbone with RFdiffusion？ Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

RosettaCommons/RFdiffusion#414 · 3 commenti · Aperta il 23/10/2025
AME Benchmark Clarification Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

RosettaCommons/RFdiffusion#412 · 2 commenti · Aperta il 18/10/2025
Cannot install RFDiffusion on VM with X86-64, pytorch_cuda-12.8.1, RTX 5090 GPU Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 28/100

RosettaCommons/RFdiffusion#411 · 4 commenti · Aperta il 17/10/2025
AttributeError: 'SelfConditioning' object has no attribute 'idx_pdb' Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 30/100

RosettaCommons/RFdiffusion#408 · 2 commenti · Aperta il 28/9/2025
Cyclic peptide design issues Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

RosettaCommons/RFdiffusion#406 · 2 commenti · Aperta il 27/9/2025
Question: RFpeptides Branch - Should I clone the branch directly or merge with main for containerization? Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100

RosettaCommons/RFdiffusion#405 · 3 commenti · Aperta il 26/9/2025
Missing sidechain of target in output Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

RosettaCommons/RFdiffusion#403 · 6 commenti · Aperta il 23/9/2025
Cyclic peptide structure prediction Aperta

Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 25/100

RosettaCommons/RFdiffusion#401 · 1 commento · Aperta il 16/9/2025
No cyclic backbones are generated with RFpeptide! Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

RosettaCommons/RFdiffusion#400 · 4 commenti · Aperta il 16/9/2025
Succes rate Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100

RosettaCommons/RFdiffusion#399 · 5 commenti · Aperta il 11/9/2025
Cannot install RFDiffusion on aarch 64, Ubuntu 22.04, CUDA 12.8 (GH200 GPUs) Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

RosettaCommons/RFdiffusion#398 · 8 commenti · Aperta il 7/9/2025
different protein samples Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

RosettaCommons/RFdiffusion#397 · Aperta il 4/9/2025
Is it possible to design Symmetric Oligomers binding to target protein Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 28/100

RosettaCommons/RFdiffusion#396 · 2 commenti · Aperta il 29/8/2025
RFdiffusion Colab Setup Cell Not Working: ModuleNotFoundError: torchdata.datapipes Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

RosettaCommons/RFdiffusion#394 · 1 commento · Aperta il 22/8/2025
No module named 'yaml' Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 30/100

RosettaCommons/RFdiffusion#393 · Aperta il 21/8/2025
Decreasing Success Rate in Binder Design Across Repeated, Independent Runs with Identical Parameters Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

RosettaCommons/RFdiffusion#391 · 4 commenti · Aperta il 21/8/2025
Question: Exploring the Optimal Range for Denoising Timesteps (Iterations) in Binder Design Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100

RosettaCommons/RFdiffusion#389 · 4 commenti · Aperta il 18/8/2025
partial diffusion with an antibody-antigen complex structure Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 30/100

RosettaCommons/RFdiffusion#388 · 1 commento · Aperta il 17/8/2025
Example of Improved Protein Binder Design Using Beta-Pairing Targeted RFdiffusion Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100

RosettaCommons/RFdiffusion#385 · 1 reazione · Aperta il 12/8/2025
RuntimeError: mat1 and mat2 shapes cannot be multiplied (192721x92 and 103x64) Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 10/100

RosettaCommons/RFdiffusion#384 · 1 commento · Aperta il 6/8/2025
Problem while installing LigandMPNN Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 20/100

RosettaCommons/RFdiffusion#383 · 2 commenti · Aperta il 5/8/2025
RFPpeptides protocol Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

RosettaCommons/RFdiffusion#375 · 12 commenti · Aperta il 24/7/2025
Inquiry Regarding Running RFdiffusion Colab Notebook (diffusion.ipynb) on ARM64 Architecture (Jupyter Notebook Attempt Failed) Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100

RosettaCommons/RFdiffusion#374 · 6 commenti · Aperta il 23/7/2025
[Bug] ModuleNotFoundError: No module named 'torchdata.datapipes' on Linux aarch64 (DGL incompatibility) Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

RosettaCommons/RFdiffusion#373 · 2 commenti · Aperta il 22/7/2025
RuntimeError: PytorchStreamReader failed reading zip archive: failed finding central directory Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 20/100

RosettaCommons/RFdiffusion#372 · Aperta il 19/7/2025
why cyclic peptide doesnt work for chain b Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

RosettaCommons/RFdiffusion#371 · 1 commento · Aperta il 18/7/2025
RuntimeError: CUDA error: CUBLAS_STATUS_NOT_INITIALIZED when calling `cublasCreate(handle)` Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

RosettaCommons/RFdiffusion#369 · 2 commenti · Aperta il 17/7/2025
Possible error in receptor_con_hal_idx0 variable in trb file Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

RosettaCommons/RFdiffusion#368 · 1 reazione · Aperta il 16/7/2025
Picking Hotspot Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

RosettaCommons/RFdiffusion#367 · 1 commento · Aperta il 16/7/2025
Question on intended bin definitions for L2D Loss in RFDiffusion Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

RosettaCommons/RFdiffusion#366 · Aperta il 15/7/2025
Design cyclic peptides with disulfide cyclization Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

RosettaCommons/RFdiffusion#364 · 1 commento · Aperta il 10/7/2025
Issue with Cyclic Peptide Generation Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 32/100

RosettaCommons/RFdiffusion#363 · 11 commenti · Aperta il 10/7/2025
Incorrect output pdb format after binder design on Colab notebook Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

RosettaCommons/RFdiffusion#362 · 4 commenti · Aperta il 8/7/2025

RosettaCommons/RFdiffusion

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