With symmetry, Hydra throws minor warning

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Valutazione

Difficoltà
1/5
Tempo stimato
Meno di un'ora
Idoneità per principianti
55/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Specificata chiaramente
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
python
Ambito
machine-learning

Direzione di ricerca

Open config/inference/symmetry.yaml and compare its defaults list with the Hydra composition-order guidance linked in the issue. Run the provided symmetry inference command to confirm the warning, then verify that the warning is gone while the symmetry configuration still loads correctly.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

Given this input:

/opt/.miniconda/envs/protein_rfdiffusion/bin/python /home/tristin/downloads/large_language_models/RFdiffusion/scripts/run_inference.py --config-name=symmetry inference.output_prefix="/home/tristin/documents/core/rfdiff_out/backbone" inference.num_designs=1 'contigmap.contigs=[50-50/0 50-50/0 50-50]' inference.symmetry="c3" 'potentials.guiding_potentials=["type:olig_contacts,weight_intra:1,weight_inter:0.1"]' potentials.olig_intra_all=True potentials.olig_inter_all=True potentials.guide_scale=2.0 potentials.guide_decay="quadratic"

I get this minor Warning:

Exception: /opt/.miniconda/envs/protein_rfdiffusion/lib/python3.9/site-packages/hydra/_internal/defaults_list.py:251: UserWarning: In 'symmetry': Defaults list is missing _self_. See https://hydra.cc/docs/1.2/upgrades/1.0_to_1.1/default_composition_order for more information warnings.warn(msg, UserWarning)

This appears easily solved by modifying config/inference/symmetry.yaml

From:

defaults:
  - base

To:

defaults:
  - base
  - _self_

My understanding is this manages the order the settings are loaded in, but I'm not familiar enough with RFdiffusion to be sure I'm setting things up right. Best guess for an alternative set up would be to put _self_ before base. Suppose I could move the entire block too, but I suspect that'd just break things. Regardless, this fix works for me.

Note: I believe most users can ignore this warning; however, when setting up a pipeline it may present a minor issue.

Lingua principale
Python
Stelle
3.1k
Fork
644
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

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