The cyclic peptides generated by RFdiffusion are not closed.

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Valutazione

Difficoltà
4/5
Tempo stimato
3-5 giorni
Idoneità per principianti
35/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Da chiarire
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
python
Ambito
bioinformatics, machine-learning

Direzione di ricerca

Reproduce the reported command through scripts/run_inference.py with inference.cyclic=True and inference.cyc_chains='a'. Inspect the cyclic-peptide handling reached by that entry point and compare the generated PDB termini. Done means the generated backbone has the intended closed C- and N-terminus connection.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

I can't obtain the correct cyclic peptide backbone pdbs, when I use the RFdiffusion pipeline.
All the cyclic peptides generated by RFdiffusion are not closed at their C-terminus and N-terminus, which just have a cyclic conformation. I use the standard pipeline provided by RFdiffusion authority. Show you below:

python /HOME/scz0bp0/run/zzy/RFdiffusion/scripts/run_inference.py
--config-name base
inference.output_prefix=/HOME/scz0bp0/run/zzy/output/RFdiffusion_output/xxx
inference.num_designs=10
'contigmap.contigs=[10 A18-132/0]'
inference.input_pdb=/HOME/scz0bp0/run/zzy/input/xxx.pdb
inference.cyclic=True
diffuser.T=50
inference.cyc_chains='a'
ppi.hotspot_res=['A56','A58','A113','A115','A121','A123'] \

Image
Lingua principale
Python
Stelle
3.1k
Fork
644
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Guida per i contributori

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Come iniziare

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