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Accessing a file in a subfolder on PhysioNet using pn_dir

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主要言語
Jupyter Notebook
スター
853
フォーク
322
PR マージ指標
30日以内にマージされた PR はありません

説明

I'm using wfdb 4.1.2, and when I try to run this code it fails with a 404:

import wfdb
record = wfdb.rdrecord('p1003/p10030753/s40735970/40735970', pn_dir='mimic-iv-ecg')

NetFileNotFoundError: 404 Error: Not Found for url: https://physionet.org/files/mimic-iv-ecg/1.0/40735970.hea

Looks like this relates to hacky path parsing which there is an open (semi-complete) PR for (#346).

I also tried:

import wfdb
record = wfdb.rdrecord('40735970', pn_dir='mimic-iv-ecg/1.0/p1003/p10030753/s40735970')

NetFileNotFoundError: 404 Error: Not Found for url: https://physionet.org/files/mimic-iv-ecg/1.0/p1003/p10030753/s40735970/40735970.hea

So I played with the path, and this ends up working:

import wfdb
record = wfdb.rdrecord('40735970', pn_dir='mimic-iv-ecg/1.0/files/p1003/p10030753/s40735970')

Seems a bit unintuitive to me that you have to put files in there, am I doing something wrong?

コントリビューションガイド

このリポジトリのコントリビューションガイドは索引されていません

はじめの一歩

  1. issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
  2. 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
  3. リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
  4. issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。

調査の方向性

wfdb.rdrecord から始め、PhysioNet のダウンロードで record と pn_dir がどのように組み合わされるかを追ってください。失敗する 2 つの例を再現し、その後、既存のパス解析アプローチについて、まだ半完成の PR #346 を読んでください。完了条件は、直感的でない files セグメントを要求せずにネストされた MIMIC-IV-ECG レコードが解決され、示されたパスに対するリグレッションカバレッジが追加されていることです。

索引モデルが issue の本文から書いたものです。

評価

技術スタック
python
領域
backend
issue の種類
バグ
難易度
4/5
見積もり時間
3〜5日
活発さ
停滞
明瞭さ
おおむね明確
初心者へのやさしさ
35/100

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