Accessing a file in a subfolder on PhysioNet using pn_dir
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Beschreibung
I'm using wfdb 4.1.2, and when I try to run this code it fails with a 404:
import wfdb
record = wfdb.rdrecord('p1003/p10030753/s40735970/40735970', pn_dir='mimic-iv-ecg')
NetFileNotFoundError: 404 Error: Not Found for url: https://physionet.org/files/mimic-iv-ecg/1.0/40735970.hea
Looks like this relates to hacky path parsing which there is an open (semi-complete) PR for (#346).
I also tried:
import wfdb
record = wfdb.rdrecord('40735970', pn_dir='mimic-iv-ecg/1.0/p1003/p10030753/s40735970')
NetFileNotFoundError: 404 Error: Not Found for url: https://physionet.org/files/mimic-iv-ecg/1.0/p1003/p10030753/s40735970/40735970.hea
So I played with the path, and this ends up working:
import wfdb
record = wfdb.rdrecord('40735970', pn_dir='mimic-iv-ecg/1.0/files/p1003/p10030753/s40735970')
Seems a bit unintuitive to me that you have to put files in there, am I doing something wrong?
Beitragsleitfaden
Für dieses Repository ist kein Beitragsleitfaden indexiert
Erste Schritte
- Lies das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
- Schreib ins Issue, dass du es übernimmst — das erspart doppelte Arbeit.
- Forke das Repository und arbeite in einem Branch.
- Öffne einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.
Rechercherichtung
Beginne bei wfdb.rdrecord und verfolge, wie record und pn_dir für PhysioNet-Downloads kombiniert werden. Reproduziere beide fehlschlagenden Beispiele und lies dann den noch nicht vollständig abgeschlossenen PR #346 zum bestehenden Ansatz für die Pfadverarbeitung. Fertig ist die Aufgabe, wenn verschachtelte MIMIC-IV-ECG-Datensätze aufgelöst werden, ohne ein unintuitives files-Segment zu erfordern, und eine Regressionstestabdeckung für die gezeigten Pfade vorhanden ist.
Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.
Bewertung
- Tech-Stack
- python
- Bereich
- backend
- Issue-Typ
- Bug
- Schwierigkeit
- 4/5
- Geschätzter Aufwand
- 3-5 Tage
- Aktivitätsstatus
- Veraltet
- Klarheit
- Größtenteils klar
- Anfängerfreundlichkeit
- 35/100