Accessing a file in a subfolder on PhysioNet using pn_dir
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- Langage dominant
- Jupyter Notebook
- Étoiles
- 853
- Forks
- 322
- Métriques de merge des PR
- Aucune PR mergée en 30 j
Description
I'm using wfdb 4.1.2, and when I try to run this code it fails with a 404:
import wfdb
record = wfdb.rdrecord('p1003/p10030753/s40735970/40735970', pn_dir='mimic-iv-ecg')
NetFileNotFoundError: 404 Error: Not Found for url: https://physionet.org/files/mimic-iv-ecg/1.0/40735970.hea
Looks like this relates to hacky path parsing which there is an open (semi-complete) PR for (#346).
I also tried:
import wfdb
record = wfdb.rdrecord('40735970', pn_dir='mimic-iv-ecg/1.0/p1003/p10030753/s40735970')
NetFileNotFoundError: 404 Error: Not Found for url: https://physionet.org/files/mimic-iv-ecg/1.0/p1003/p10030753/s40735970/40735970.hea
So I played with the path, and this ends up working:
import wfdb
record = wfdb.rdrecord('40735970', pn_dir='mimic-iv-ecg/1.0/files/p1003/p10030753/s40735970')
Seems a bit unintuitive to me that you have to put files in there, am I doing something wrong?
Guide de contribution
Aucun guide de contribution indexé pour ce dépôt
Par où commencer
- Lisez l'issue en entier, puis le guide de contribution du projet.
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- Ouvrez une pull request qui référence le numéro de l'issue.
Piste de recherche
Commencez par wfdb.rdrecord et suivez la façon dont record et pn_dir sont combinés pour les téléchargements PhysioNet. Reproduisez les deux exemples en échec, puis lisez la PR #346, encore partiellement complète, concernant l’approche existante d’analyse des chemins. La tâche est terminée lorsque les enregistrements MIMIC-IV-ECG imbriqués sont résolus sans nécessiter un segment files peu intuitif, avec une couverture de régression pour les chemins indiqués.
Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.
Évaluation
- Stack technique
- python
- Domaine
- backend
- Type d'issue
- Bug
- Difficulté
- 4/5
- Temps estimé
- 3-5 jours
- Activité
- À l'abandon
- Clarté
- Plutôt claire
- Accessibilité débutants
- 35/100