MIT-LCP / MIT-LCP/wfdb-python

Accessing a file in a subfolder on PhysioNet using pn_dir

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Langage dominant
Jupyter Notebook
Étoiles
853
Forks
322
Métriques de merge des PR
Aucune PR mergée en 30 j

Description

I'm using wfdb 4.1.2, and when I try to run this code it fails with a 404:

import wfdb
record = wfdb.rdrecord('p1003/p10030753/s40735970/40735970', pn_dir='mimic-iv-ecg')

NetFileNotFoundError: 404 Error: Not Found for url: https://physionet.org/files/mimic-iv-ecg/1.0/40735970.hea

Looks like this relates to hacky path parsing which there is an open (semi-complete) PR for (#346).

I also tried:

import wfdb
record = wfdb.rdrecord('40735970', pn_dir='mimic-iv-ecg/1.0/p1003/p10030753/s40735970')

NetFileNotFoundError: 404 Error: Not Found for url: https://physionet.org/files/mimic-iv-ecg/1.0/p1003/p10030753/s40735970/40735970.hea

So I played with the path, and this ends up working:

import wfdb
record = wfdb.rdrecord('40735970', pn_dir='mimic-iv-ecg/1.0/files/p1003/p10030753/s40735970')

Seems a bit unintuitive to me that you have to put files in there, am I doing something wrong?

Guide de contribution

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Par où commencer

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  4. Ouvrez une pull request qui référence le numéro de l'issue.

Piste de recherche

Commencez par wfdb.rdrecord et suivez la façon dont record et pn_dir sont combinés pour les téléchargements PhysioNet. Reproduisez les deux exemples en échec, puis lisez la PR #346, encore partiellement complète, concernant l’approche existante d’analyse des chemins. La tâche est terminée lorsque les enregistrements MIMIC-IV-ECG imbriqués sont résolus sans nécessiter un segment files peu intuitif, avec une couverture de régression pour les chemins indiqués.

Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.

Évaluation

Stack technique
python
Domaine
backend
Type d'issue
Bug
Difficulté
4/5
Temps estimé
3-5 jours
Activité
À l'abandon
Clarté
Plutôt claire
Accessibilité débutants
35/100

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