Accessing a file in a subfolder on PhysioNet using pn_dir
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- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Descripción
I'm using wfdb 4.1.2, and when I try to run this code it fails with a 404:
import wfdb
record = wfdb.rdrecord('p1003/p10030753/s40735970/40735970', pn_dir='mimic-iv-ecg')
NetFileNotFoundError: 404 Error: Not Found for url: https://physionet.org/files/mimic-iv-ecg/1.0/40735970.hea
Looks like this relates to hacky path parsing which there is an open (semi-complete) PR for (#346).
I also tried:
import wfdb
record = wfdb.rdrecord('40735970', pn_dir='mimic-iv-ecg/1.0/p1003/p10030753/s40735970')
NetFileNotFoundError: 404 Error: Not Found for url: https://physionet.org/files/mimic-iv-ecg/1.0/p1003/p10030753/s40735970/40735970.hea
So I played with the path, and this ends up working:
import wfdb
record = wfdb.rdrecord('40735970', pn_dir='mimic-iv-ecg/1.0/files/p1003/p10030753/s40735970')
Seems a bit unintuitive to me that you have to put files in there, am I doing something wrong?
Guía de contribución
No hay ninguna guía de contribución indexada para este repositorio
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
Línea de trabajo
Comienza en wfdb.rdrecord y sigue cómo se combinan record y pn_dir para las descargas de PhysioNet. Reproduce ambos ejemplos que fallan y después lee el PR #346, todavía parcialmente completado, sobre el enfoque existente para el análisis de rutas. La tarea estará terminada cuando los registros anidados de MIMIC-IV-ECG se resuelvan sin requerir un segmento files poco intuitivo, con cobertura de regresión para las rutas mostradas.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Evaluación
- Stack tecnológico
- python
- Área
- backend
- Tipo de issue
- Error
- Dificultad
- 4/5
- Tiempo estimado
- 3-5 días
- Estado de actividad
- Estancado
- Claridad
- Bastante claro
- Aptitud para principiantes
- 35/100