MIT-LCP / MIT-LCP/wfdb-python

Accessing a file in a subfolder on PhysioNet using pn_dir

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Lenguaje dominante
Jupyter Notebook
Estrellas
853
Forks
322
Métricas de merge de PR
Sin PR fusionados en 30 d

Descripción

I'm using wfdb 4.1.2, and when I try to run this code it fails with a 404:

import wfdb
record = wfdb.rdrecord('p1003/p10030753/s40735970/40735970', pn_dir='mimic-iv-ecg')

NetFileNotFoundError: 404 Error: Not Found for url: https://physionet.org/files/mimic-iv-ecg/1.0/40735970.hea

Looks like this relates to hacky path parsing which there is an open (semi-complete) PR for (#346).

I also tried:

import wfdb
record = wfdb.rdrecord('40735970', pn_dir='mimic-iv-ecg/1.0/p1003/p10030753/s40735970')

NetFileNotFoundError: 404 Error: Not Found for url: https://physionet.org/files/mimic-iv-ecg/1.0/p1003/p10030753/s40735970/40735970.hea

So I played with the path, and this ends up working:

import wfdb
record = wfdb.rdrecord('40735970', pn_dir='mimic-iv-ecg/1.0/files/p1003/p10030753/s40735970')

Seems a bit unintuitive to me that you have to put files in there, am I doing something wrong?

Guía de contribución

No hay ninguna guía de contribución indexada para este repositorio

Primeros pasos

  1. Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
  2. Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
  3. Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
  4. Abre un pull request que haga referencia al número del issue.

Línea de trabajo

Comienza en wfdb.rdrecord y sigue cómo se combinan record y pn_dir para las descargas de PhysioNet. Reproduce ambos ejemplos que fallan y después lee el PR #346, todavía parcialmente completado, sobre el enfoque existente para el análisis de rutas. La tarea estará terminada cuando los registros anidados de MIMIC-IV-ECG se resuelvan sin requerir un segmento files poco intuitivo, con cobertura de regresión para las rutas mostradas.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Evaluación

Stack tecnológico
python
Área
backend
Tipo de issue
Error
Dificultad
4/5
Tiempo estimado
3-5 días
Estado de actividad
Estancado
Claridad
Bastante claro
Aptitud para principiantes
35/100

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