Jhsmit/PyHDX

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Derive ΔG for single residues from HDX-MS data

Sterne: 32
Forks: 14
Offene Anfänger-Issues: 0
Indexierte Issues: 56

Vorherrschende Sprache: Jupyter Notebook
Lizenz: MIT
Letzter GitHub-Push: 17.12.2025
Zuletzt indexiert: 18.9.2026
Beitragsleitfaden: Beitragsleitfaden
Verhaltenskodex: Kein Verhaltenskodex
Anfänger-Labels: good first issue
PR-Merge-Kennzahlen: Keine gemergten PRs in 30 T.

Offen Alle

Bisher 56 offene Issues indexiert

use curve peeling/stripping for initial guesses of exponential fit Offen

enhancement

Jhsmit/PyHDX#29 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 18.9.2026
check edge cases for ignoring prolines Offen

bug invalid

Jhsmit/PyHDX#32 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 18.9.2026
download txt file with data summary Offen

enhancement

Jhsmit/PyHDX#41 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 18.9.2026
view vertical line in both plots during mouseover event Offen

enhancement

Jhsmit/PyHDX#57 · 2 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 18.9.2026
allow export of k_int Offen

enhancement GUI

Jhsmit/PyHDX#70 · 2 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 18.9.2026
k_int vs kint Offen

good first issue

Jhsmit/PyHDX#81 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 18.9.2026
figure panels need dynamic titles Offen

GUI

Jhsmit/PyHDX#98 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 18.9.2026
pytorch diff eqns Offen

Jhsmit/PyHDX#130 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 18.9.2026
Correct k_int for percentage D Offen

enhancement investigate

Jhsmit/PyHDX#136 · 2 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 18.9.2026
Add deltaG graph to link x range Offen

enhancement GUI

Jhsmit/PyHDX#155 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 18.9.2026
Streched exponential fitting Offen

enhancement wontfix

Jhsmit/PyHDX#159 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 18.9.2026
Allow NaN in batch fitting Offen

enhancement Fitting investigate

Jhsmit/PyHDX#174 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 18.9.2026
Exported dataframes with r_numbers should have sequence information in them Offen

enhancement

Jhsmit/PyHDX#193 · 2 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 18.9.2026
Relay error messages to log in GUI Offen

enhancement GUI

Jhsmit/PyHDX#194 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 18.9.2026
Log dir in config Offen

enhancement GUI

Jhsmit/PyHDX#196 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 18.9.2026
color transform as yaml Offen

enhancement GUI

Jhsmit/PyHDX#202 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 18.9.2026
C terminal residue intrinsic rate of exchange Offen

investigate

Jhsmit/PyHDX#211 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 18.9.2026
docs fitting example math render Offen

documentation

Jhsmit/PyHDX#224 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 18.9.2026
Reloading fit results is slow Offen

enhancement Fitting

Jhsmit/PyHDX#229 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 18.9.2026
Allow gracious failing of estimating errors Offen

enhancement Fitting good first issue

Jhsmit/PyHDX#230 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 18.9.2026
Initial guesses are slow Offen

discussion enhancement Fitting investigate

Jhsmit/PyHDX#233 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 18.9.2026
Plot output should take alignments Offen

enhancement

Jhsmit/PyHDX#235 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 18.9.2026
fit result output include standard deviation of mse loss Offen

enhancement Fitting

Jhsmit/PyHDX#236 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 18.9.2026
Force ddG color transform color maps to be divergent by default Offen

enhancement good first issue GUI

Jhsmit/PyHDX#238 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 18.9.2026
Glasbey default colors when using discrete Offen

enhancement good first issue GUI

Jhsmit/PyHDX#240 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 18.9.2026
Export session button needs loading indicator Offen

enhancement good first issue GUI

Jhsmit/PyHDX#241 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 18.9.2026
Fit iterations per second in log output Offen

enhancement GUI

Jhsmit/PyHDX#245 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 18.9.2026
Dask client should be optional Offen

enhancement GUI

Jhsmit/PyHDX#261 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 18.9.2026
Allow other data formats as input Offen

enhancement

Jhsmit/PyHDX#262 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 18.9.2026
Pyhdx process cli interface Offen

enhancement

Jhsmit/PyHDX#263 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 18.9.2026
Unify hdx_set and hdxm_set Offen

Jhsmit/PyHDX#265 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 18.9.2026
Unify fit_result fitresult Offen

enhancement

Jhsmit/PyHDX#266 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 18.9.2026
Documentation for `pyhdx process` Offen

enhancement

Jhsmit/PyHDX#268 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 18.9.2026
Test pickling / weighted averge initial guesses Offen

enhancement Fitting

Jhsmit/PyHDX#270 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 18.9.2026
Align dataframes function should take dicts only Offen

Jhsmit/PyHDX#274 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 18.9.2026
Web application reference docs superclass info not useful Offen

documentation

Jhsmit/PyHDX#275 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 18.9.2026
Proplot pinned requirement Offen

enhancement

Jhsmit/PyHDX#276 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 18.9.2026
state spec yamls do not support relative paths when using the GUI Offen

bug GUI

Jhsmit/PyHDX#277 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 18.9.2026
Peptide view needs a hover tool Offen

enhancement good first issue GUI

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Feature request: export ΔRFU linear bars grouped by state Offen

enhancement GUI

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Catch errors when inputting an invalid file in web app Offen

bug GUI

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Downsample exported loss in session files Offen

enhancement GUI

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pdb files per protein state; include pdb files in exported session files Offen

enhancement GUI

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Setting values on a copy of dataframe Offen

Jhsmit/PyHDX#298 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 18.9.2026
Residue offset in web application Offen

enhancement GUI

Jhsmit/PyHDX#299 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 18.9.2026
Intersection of peptides between HDX measurements Offen

enhancement GUI

Jhsmit/PyHDX#300 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 18.9.2026
Refresh c_term n_term defaults when switching experiment state Offen

Jhsmit/PyHDX#304 · 2 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person · Indexiert am 18.9.2026
Goodness of fit qualifiers feedback D-uptake fit Offen

enhancement

Jhsmit/PyHDX#306 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 18.9.2026
Fitting with peptide weights Offen

enhancement

Jhsmit/PyHDX#307 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 18.9.2026
FutureWarning: pandas indexing Offen

bug

Jhsmit/PyHDX#308 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 18.9.2026

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