Jhsmit/PyHDX

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Derive ΔG for single residues from HDX-MS data

Stelle: 32
Fork: 14
Issue aperte per principianti: 0
Issue indicizzate: 56

Lingua principale: Jupyter Notebook
Licenza: MIT
Ultimo push su GitHub: 17/12/2025
Ultima indicizzazione: 18/9/2026
Guida per i contributori: Guida per i contributori
Codice di condotta: Nessun codice di condotta
Label per principianti: good first issue
Metriche di merge delle PR: Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Aperta Tutte

56 issue aperte indicizzate

use curve peeling/stripping for initial guesses of exponential fit Aperta

enhancement

Jhsmit/PyHDX#29 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 18/9/2026
check edge cases for ignoring prolines Aperta

bug invalid

Jhsmit/PyHDX#32 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 18/9/2026
download txt file with data summary Aperta

enhancement

Jhsmit/PyHDX#41 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 18/9/2026
view vertical line in both plots during mouseover event Aperta

enhancement

Jhsmit/PyHDX#57 · 2 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 18/9/2026
allow export of k_int Aperta

enhancement GUI

Jhsmit/PyHDX#70 · 2 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 18/9/2026
k_int vs kint Aperta

good first issue

Jhsmit/PyHDX#81 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 18/9/2026
figure panels need dynamic titles Aperta

GUI

Jhsmit/PyHDX#98 · 1 commento · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 18/9/2026
pytorch diff eqns Aperta

Jhsmit/PyHDX#130 · 1 commento · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 18/9/2026
Correct k_int for percentage D Aperta

enhancement investigate

Jhsmit/PyHDX#136 · 2 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 18/9/2026
Add deltaG graph to link x range Aperta

enhancement GUI

Jhsmit/PyHDX#155 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 18/9/2026
Streched exponential fitting Aperta

enhancement wontfix

Jhsmit/PyHDX#159 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 18/9/2026
Allow NaN in batch fitting Aperta

enhancement Fitting investigate

Jhsmit/PyHDX#174 · 1 commento · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 18/9/2026
Exported dataframes with r_numbers should have sequence information in them Aperta

enhancement

Jhsmit/PyHDX#193 · 2 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 18/9/2026
Relay error messages to log in GUI Aperta

enhancement GUI

Jhsmit/PyHDX#194 · 1 commento · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 18/9/2026
Log dir in config Aperta

enhancement GUI

Jhsmit/PyHDX#196 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 18/9/2026
color transform as yaml Aperta

enhancement GUI

Jhsmit/PyHDX#202 · 1 commento · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 18/9/2026
C terminal residue intrinsic rate of exchange Aperta

investigate

Jhsmit/PyHDX#211 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 18/9/2026
docs fitting example math render Aperta

documentation

Jhsmit/PyHDX#224 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 18/9/2026
Reloading fit results is slow Aperta

enhancement Fitting

Jhsmit/PyHDX#229 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 18/9/2026
Allow gracious failing of estimating errors Aperta

enhancement Fitting good first issue

Jhsmit/PyHDX#230 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 18/9/2026
Initial guesses are slow Aperta

discussion enhancement Fitting investigate

Jhsmit/PyHDX#233 · 1 commento · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 18/9/2026
Plot output should take alignments Aperta

enhancement

Jhsmit/PyHDX#235 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 18/9/2026
fit result output include standard deviation of mse loss Aperta

enhancement Fitting

Jhsmit/PyHDX#236 · 1 commento · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 18/9/2026
Force ddG color transform color maps to be divergent by default Aperta

enhancement good first issue GUI

Jhsmit/PyHDX#238 · 1 commento · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 18/9/2026
Glasbey default colors when using discrete Aperta

enhancement good first issue GUI

Jhsmit/PyHDX#240 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 18/9/2026
Export session button needs loading indicator Aperta

enhancement good first issue GUI

Jhsmit/PyHDX#241 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 18/9/2026
Fit iterations per second in log output Aperta

enhancement GUI

Jhsmit/PyHDX#245 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 18/9/2026
Dask client should be optional Aperta

enhancement GUI

Jhsmit/PyHDX#261 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 18/9/2026
Allow other data formats as input Aperta

enhancement

Jhsmit/PyHDX#262 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 18/9/2026
Pyhdx process cli interface Aperta

enhancement

Jhsmit/PyHDX#263 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 18/9/2026
Unify hdx_set and hdxm_set Aperta

Jhsmit/PyHDX#265 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 18/9/2026
Unify fit_result fitresult Aperta

enhancement

Jhsmit/PyHDX#266 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 18/9/2026
Documentation for `pyhdx process` Aperta

enhancement

Jhsmit/PyHDX#268 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 18/9/2026
Test pickling / weighted averge initial guesses Aperta

enhancement Fitting

Jhsmit/PyHDX#270 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 18/9/2026
Align dataframes function should take dicts only Aperta

Jhsmit/PyHDX#274 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 18/9/2026
Web application reference docs superclass info not useful Aperta

documentation

Jhsmit/PyHDX#275 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 18/9/2026
Proplot pinned requirement Aperta

enhancement

Jhsmit/PyHDX#276 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 18/9/2026
state spec yamls do not support relative paths when using the GUI Aperta

bug GUI

Jhsmit/PyHDX#277 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 18/9/2026
Peptide view needs a hover tool Aperta

enhancement good first issue GUI

Jhsmit/PyHDX#280 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 18/9/2026
Feature request: export ΔRFU linear bars grouped by state Aperta

enhancement GUI

Jhsmit/PyHDX#283 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 18/9/2026
Catch errors when inputting an invalid file in web app Aperta

bug GUI

Jhsmit/PyHDX#284 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 18/9/2026
Downsample exported loss in session files Aperta

enhancement GUI

Jhsmit/PyHDX#287 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 18/9/2026
pdb files per protein state; include pdb files in exported session files Aperta

enhancement GUI

Jhsmit/PyHDX#288 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 18/9/2026
Setting values on a copy of dataframe Aperta

Jhsmit/PyHDX#298 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 18/9/2026
Residue offset in web application Aperta

enhancement GUI

Jhsmit/PyHDX#299 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 18/9/2026
Intersection of peptides between HDX measurements Aperta

enhancement GUI

Jhsmit/PyHDX#300 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 18/9/2026
Refresh c_term n_term defaults when switching experiment state Aperta

Jhsmit/PyHDX#304 · 2 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario · Indicizzata il 18/9/2026
Goodness of fit qualifiers feedback D-uptake fit Aperta

enhancement

Jhsmit/PyHDX#306 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 18/9/2026
Fitting with peptide weights Aperta

enhancement

Jhsmit/PyHDX#307 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 18/9/2026
FutureWarning: pandas indexing Aperta

bug

Jhsmit/PyHDX#308 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 18/9/2026

Jhsmit/PyHDX

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