Improve model abstractions

Đang mở
#518 0 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
5/5
Thời gian dự kiến
Hơn một tuần
Mức phù hợp với người mới
25/100
Loại issue
Tái cấu trúc
Độ rõ ràng
Cần làm rõ
Mức độ hoạt động
Sôi nổi
Công nghệ
python
Lĩnh vực
tooling

Hướng nghiên cứu

Start by reading petab.v1.models.model.Model and the discussion in #517, including the linked pull request comment. Map how derived parameters and is_state_variable are used across the package before proposing changes. Done means the model abstraction reflects the constant, differential, and algebraic taxonomy without conflating simulator decisions.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

The current model abstraction in petab.v1.models.model.Model isn't great. Non-exhaustive list of problems:

  • We don't have proper handling of derived parameters (#517 / https://github.com/PEtab-dev/libpetab-python/pull/517#issuecomment-5566488336)
  • is_state_variable conflates different questions. The simulator decides what's treated as a state variable - that's none of PEtab's business.
  • Ideally, the library would more closely adopt the specs' taxonomy regarding constant, differential, and algebraic entities.

Improve that. This will probably impact quite a number of places and needs to be addressed carefully.

Ngôn ngữ chính
Python
Star
18
Fork
9
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Hướng dẫn đóng góp

Mở hướng dẫn đóng góp

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của PEtab-dev/libpetab-python

Tất cả issue của PEtab-dev/libpetab-python

Issue tương tự

Thêm issue về Python

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.