Mapping table contributions to parameter table validation (SciML use case)

Đang mở
#494 1 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
5/5
Thời gian dự kiến
Hơn một tuần
Mức phù hợp với người mới
35/100
Loại issue
Tính năng
Độ rõ ràng
Cần làm rõ
Mức độ hoạt động
Ít trao đổi
Công nghệ
python
Lĩnh vực
backend-api-design

Hướng nghiên cứu

No source files, tests, or entry points are named. Start by reviewing issues #482 and #480 and confirming whether SciML is the only use case; design an API for mapping-table-contributed parameters, then implement and test the validation behavior.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

validation
Background

This issue summarises the question of whether the mapping table should be allowed to contribute additional valid entries to the parameter table. This came up during review of #482 and #480.

For currently supported model types (SBML, PySB), the assumption has been that the mapping table would not introduce additional valid parameter table entries.

However, Petab-SciML requires this kind of mapping table contribution. For example, a network parameter group net1.parameters could be assigned a PEtab ID (e.g. net_ps) in the mapping table, and that ID would then appear in the parameters table with its bounds and priors. In this case, the mapping table does need to feed into parameter table validation.

Open questions
  • Are SciML problems the only use case where mapping table entries need to be treated as valid parameter table parameters?
  • What API would be needed to validate parameters contributed by the mapping table?
    • A SciML specific ValidationTask is one option
Next steps
  • Confirm whether SciML is the only use case for this requirement
  • Design the API to support it
  • Implement and test
Ngôn ngữ chính
Python
Star
18
Fork
9
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Hướng dẫn đóng góp

Mở hướng dẫn đóng góp

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của PEtab-dev/libpetab-python

Tất cả issue của PEtab-dev/libpetab-python

Issue tương tự

Thêm issue về Python

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.