Improve model abstractions

オープン

#518 2026年9月7日に作成コメント 0 件リアクション 0 件担当者 0 名 GitHub で見る

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評価

難易度: 5/5
見積もり時間: 1週間以上
初心者へのやさしさ: 25/100

issue の種類: リファクタリング
明瞭さ: 説明が足りない
活発さ: 活発
技術スタック: python
領域: tooling

調査の方向性

Start by reading petab.v1.models.model.Model and the discussion in #517, including the linked pull request comment. Map how derived parameters and is_state_variable are used across the package before proposing changes. Done means the model abstraction reflects the constant, differential, and algebraic taxonomy without conflating simulator decisions.

索引モデルが issue の本文から書いたものです。

説明

The current model abstraction in petab.v1.models.model.Model isn't great. Non-exhaustive list of problems:

We don't have proper handling of derived parameters (#517 / https://github.com/PEtab-dev/libpetab-python/pull/517#issuecomment-5566488336)
is_state_variable conflates different questions. The simulator decides what's treated as a state variable - that's none of PEtab's business.
Ideally, the library would more closely adopt the specs' taxonomy regarding constant, differential, and algebraic entities.

Improve that. This will probably impact quite a number of places and needs to be addressed carefully.

主要言語: Python
スター: 18
フォーク: 9
PR マージ指標: 30日以内にマージされた PR はありません

コントリビューションガイド

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はじめの一歩

issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
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