Improve model abstractions

Aberta
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Avaliação

Dificuldade
5/5
Tempo estimado
Mais de uma semana
Facilidade para iniciantes
25/100
Tipo de issue
Refatoração
Clareza
Precisa de esclarecimento
Status de atividade
Ativa
Stack de tecnologia
python
Domínio
tooling

Direção de pesquisa

Start by reading petab.v1.models.model.Model and the discussion in #517, including the linked pull request comment. Map how derived parameters and is_state_variable are used across the package before proposing changes. Done means the model abstraction reflects the constant, differential, and algebraic taxonomy without conflating simulator decisions.

Escrita pelo modelo de indexação a partir do texto da issue.

Descrição

The current model abstraction in petab.v1.models.model.Model isn't great. Non-exhaustive list of problems:

  • We don't have proper handling of derived parameters (#517 / https://github.com/PEtab-dev/libpetab-python/pull/517#issuecomment-5566488336)
  • is_state_variable conflates different questions. The simulator decides what's treated as a state variable - that's none of PEtab's business.
  • Ideally, the library would more closely adopt the specs' taxonomy regarding constant, differential, and algebraic entities.

Improve that. This will probably impact quite a number of places and needs to be addressed carefully.

Linguagem predominante
Python
Estrelas
18
Forks
9
Nenhum PR com merge em 30d

Guia de contribuição

Abrir o guia de contribuição

Primeiros passos

  1. Leia a issue inteira e depois o guia de contribuição do projeto.
  2. Comente na issue dizendo que vai assumir — evita que duas pessoas façam o mesmo trabalho.
  3. Faça um fork do repositório e trabalhe em uma branch.
  4. Abra um pull request que referencie o número da issue.

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