Improve model abstractions

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Evaluación

Dificultad
5/5
Tiempo estimado
Más de una semana
Aptitud para principiantes
25/100
Tipo de issue
Refactorización
Claridad
Necesita aclaración
Estado de actividad
Activo
Stack tecnológico
python
Área
tooling

Línea de trabajo

Start by reading petab.v1.models.model.Model and the discussion in #517, including the linked pull request comment. Map how derived parameters and is_state_variable are used across the package before proposing changes. Done means the model abstraction reflects the constant, differential, and algebraic taxonomy without conflating simulator decisions.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Descripción

The current model abstraction in petab.v1.models.model.Model isn't great. Non-exhaustive list of problems:

  • We don't have proper handling of derived parameters (#517 / https://github.com/PEtab-dev/libpetab-python/pull/517#issuecomment-5566488336)
  • is_state_variable conflates different questions. The simulator decides what's treated as a state variable - that's none of PEtab's business.
  • Ideally, the library would more closely adopt the specs' taxonomy regarding constant, differential, and algebraic entities.

Improve that. This will probably impact quite a number of places and needs to be addressed carefully.

Lenguaje dominante
Python
Estrellas
18
Forks
9
Sin PR fusionados en 30 d

Guía de contribución

Abrir la guía de contribución

Primeros pasos

  1. Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
  2. Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
  3. Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
  4. Abre un pull request que haga referencia al número del issue.

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