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PEtab-dev

7 repositorios indexados · Ver en GitHub

PEtab
PEtab - an SBML and TSV based data format for parameter estimation problems in systems biology

66 estrellas
libpetab-python
Python package for working with PEtab files

Python · 18 estrellas
petab_select
Model selection for PEtab

Python · 14 estrellas
petab_sciml
Exchangeable data format for training Scientific Machine Learning (SciML) models

Python · 11 estrellas
PEtab-GUI
A graphical PEtab editor

Python · 6 estrellas
petab_test_suite
PEtab test suite

Python · 6 estrellas
petab_sciml_testsuite

Julia · 0 estrellas

Para principiantes Todo

Abierto Todos

Improve model abstractions Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

PEtab-dev/libpetab-python#518 · Abierto el 7/9/2026
Consider extending the test suite to BNGL Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

PEtab-dev/petab_test_suite#117 · Abierto el 14/8/2026
Mapping table contributions to parameter table validation (SciML use case) Abierto

validation

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

PEtab-dev/libpetab-python#494 · 1 comentario · Abierto el 26/6/2026
Testability and Further Modularization Abierto

help wanted improvement WIP

PEtab-dev/PEtab-GUI#256 · 1 asignado · Abierto el 30/3/2026
`Find`: also search SBML / antimony model Abierto

enhancement

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

PEtab-dev/PEtab-GUI#255 · Abierto el 27/3/2026
T201 Style Abierto

fixed but not released improvement

PEtab-dev/PEtab-GUI#245 · 1 asignado · Abierto el 16/3/2026
ERA001 Style Abierto

fixed but not released improvement

PEtab-dev/PEtab-GUI#244 · 1 asignado · Abierto el 16/3/2026
E701 Style Abierto

fixed but not released improvement

PEtab-dev/PEtab-GUI#243 · 1 asignado · Abierto el 16/3/2026
E501 Style Abierto

fixed but not released improvement

PEtab-dev/PEtab-GUI#242 · 1 asignado · Abierto el 16/3/2026
RET504 Style Abierto

fixed but not released improvement

PEtab-dev/PEtab-GUI#241 · 1 asignado · Abierto el 16/3/2026
E741 Style Abierto

fixed but not released improvement

PEtab-dev/PEtab-GUI#240 · 1 asignado · Abierto el 16/3/2026
A002 Style Abierto

fixed but not released improvement

PEtab-dev/PEtab-GUI#239 · 1 asignado · Abierto el 16/3/2026
Support for PEtab 2.0 Abierto

enhancement

PEtab-dev/PEtab-GUI#234 · 1 asignado · Abierto el 5/3/2026
Linter Abierto

PEtab-dev/petab_sciml#69 · 7 comentarios · 1 asignado · Abierto el 24/2/2026
Automatic hybridization of NN model inputs and outputs Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 42/100

PEtab-dev/petab_sciml#66 · Abierto el 20/2/2026
Minor issues when saving file Abierto

bug enhancement

PEtab-dev/PEtab-GUI#231 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 11/2/2026
Bug in Observable Table Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

PEtab-dev/PEtab-GUI#230 · Abierto el 11/2/2026
Intelligent Default Plotting Abierto

enhancement

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

PEtab-dev/PEtab-GUI#223 · Abierto el 22/1/2026
Add design principles page Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 38/100

PEtab-dev/petab_sciml#50 · 4 comentarios · Abierto el 21/1/2026
v2: Combining experiment and condition tables Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

PEtab-dev/PEtab#657 · 1 comentario · Abierto el 1/1/2026
Include residuals and likelihoods in simulation tables Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

PEtab-dev/petab_test_suite#100 · Abierto el 12/12/2025
Support for discrete noise distributions Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

PEtab-dev/libpetab-python#466 · Abierto el 3/12/2025
Add tests for all noise distributions Abierto

new test case v2

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

PEtab-dev/petab_test_suite#95 · Abierto el 2/12/2025
Poisson and negative binomial distributions for parameter priors and noise models Abierto

v2

PEtab-dev/PEtab#653 · 3 comentarios · 1 reacción · 1 asignado · Abierto el 12/11/2025
DMM tutorial multiple simulation conditions Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 25/100

PEtab-dev/petab_sciml#40 · Abierto el 5/11/2025
Add CLI for petab v1->v2 conversion Abierto

enhancement

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

PEtab-dev/libpetab-python#453 · Abierto el 29/10/2025
Docs ways to inspect model selection results Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

PEtab-dev/petab_select#163 · Abierto el 16/10/2025
Doc unusual behavior of forward/backward methods Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 45/100

PEtab-dev/petab_select#162 · Abierto el 16/10/2025
Improve legend placement Abierto

enhancement

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 42/100

PEtab-dev/PEtab-GUI#191 · Abierto el 24/9/2025
Linting Discussion Abierto

discussion enhancement

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

PEtab-dev/PEtab-GUI#183 · 1 comentario · Abierto el 24/9/2025
Clean up ruff configuration Abierto

fixed but not released

PEtab-dev/PEtab-GUI#181 · 1 asignado · Abierto el 24/9/2025
Add goodness-of-fit and residual plots to visualization examples Abierto

documentation

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

PEtab-dev/libpetab-python#439 · Abierto el 19/9/2025
Remember last save-as-directory Abierto

enhancement

PEtab-dev/PEtab-GUI#136 · 1 asignado · Abierto el 19/9/2025
Suggestions for "Add column" Abierto

enhancement

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

PEtab-dev/PEtab-GUI#128 · Abierto el 19/9/2025
Use plotName in plot tabs Abierto

enhancement

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 45/100

PEtab-dev/PEtab-GUI#125 · Abierto el 19/9/2025
Show wait cursor during long-running operations Abierto

enhancement

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 38/100

PEtab-dev/PEtab-GUI#124 · Abierto el 19/9/2025
API for renaming PEtab entities Abierto

enhancement

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

PEtab-dev/libpetab-python#438 · Abierto el 19/9/2025
Test suite TODO Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 15/100

PEtab-dev/petab_sciml_testsuite#9 · 3 comentarios · Abierto el 24/7/2025
Remove `v2.Problem.*_df` Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

PEtab-dev/libpetab-python#409 · Abierto el 21/7/2025
v2: Add how-tos Abierto

documentation

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

PEtab-dev/PEtab#637 · 1 comentario · 1 reacción · Abierto el 9/7/2025
v2: Visualization functions Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

PEtab-dev/libpetab-python#398 · Abierto el 2/7/2025
Document release process Abierto

documentation

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

PEtab-dev/libpetab-python#396 · Abierto el 2/7/2025
Documentation TODOs Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 48/100

PEtab-dev/petab_sciml#23 · 1 comentario · Abierto el 25/6/2025
Subset priors Abierto

PEtab-dev/petab_select#159 · 1 reacción · 1 asignado · Abierto el 15/6/2025
v2: Handle multi-model problems Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

PEtab-dev/libpetab-python#392 · 2 comentarios · Abierto el 5/6/2025
Change RTD blue square to avoid clash with logo text Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 35/100

PEtab-dev/petab_select#158 · Abierto el 20/5/2025
v2: add clarification sentence about simulation start time and end times Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

PEtab-dev/PEtab#626 · 4 comentarios · Abierto el 7/5/2025
split standard and package into separate repos Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 15/100

PEtab-dev/petab_select#157 · Abierto el 30/4/2025
`analyze.compute_weights` does not permit a `str`-type criterion argument Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 42/100

PEtab-dev/petab_select#156 · Abierto el 22/4/2025
v2: Update validator Abierto

validation

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 30/100

PEtab-dev/libpetab-python#369 · Abierto el 28/3/2025

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