Updated R to 3.6 and all hell broke loose
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- 主要言語
- R
- スター
- 1.1k
- フォーク
- 266
- 平均マージ
- 2時間 56分
- マージ済み PR(30日)
- 1
説明
Summary:
Updated R and Rstudio, and all hell broke loose
Description:
I've been running the rethinking package, which uses rstan, for about 6 months - no problem. I updated R today, and all of a sudden things have gone haywire.
I uninstalled and re-installed rstan (and all other packages, for that matter), including updating Rtools. No luck. When I try to run the schools example directly from the Rstan "getting started" page, I get the error listed below
The C++ toolchain passes the test
I have also tried disabling the C++ toolchain configuration (which is noted to sometimes cause problems). No luck. Exact same issue.
I have de-installed and re-installed from scratch (R, then Rstan, then other toolboxes), but still no luck.
Any advice would be GREATLY appreciated. BTW - I'm just an ordinary scientist, not a developer or c-scientist ...so I would appreciate advice being "dummed down" as much as possible. TIA
Reproducible Steps:
Followed the steps on the Get Started page EXACTLY
Current Output:
Error in compileCode(f, code, language = language, verbose = verbose) :
Compilation ERROR, function(s)/method(s) not created! In file included from C:/Users/schwa/Documents/R/win-library/3.6/BH/include/boost/random/detail/integer_log2.hpp:19:0,
from C:/Users/schwa/Documents/R/win-library/3.6/BH/include/boost/random/detail/int_float_pair.hpp:26,
from C:/Users/schwa/Documents/R/win-library/3.6/BH/include/boost/random/exponential_distribution.hpp:27,
from C:/Users/schwa/Documents/R/win-library/3.6/BH/include/boost/random/gamma_distribution.hpp:25,
from C:/Users/schwa/Documents/R/win-library/3.6/StanHeaders/include/stan/math/prim/mat/prob/dirichlet_rng.hpp:5,
from C:/Users/schwa/Documents/R/win-library/3.6/StanHeaders/include/stan/math/prim/mat.hpp:276,
from C:/Users/schwa/Documents/R/win-library/3.6/StanHeaders/include/stan/math/rev/mat.hpp:12,
from C:/Users/schwa/Documents/R/win-library/3.6/StanHeaders/include/stan/math.hpp:4,
Error in sink(type = "output") : invalid connection
Expected Output:
RStan Version:
The version of RStan you are running (e.g., from packageVersion("rstan"))
R Version:
2.18.12
Operating System:
Windows 10
コントリビューションガイド
このリポジトリのコントリビューションガイドは索引されていません
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
調査の方向性
まず、RStan Get Startedページのschools例をWindows 10上で再現します。その際、報告されているR、RStan、Rtools、RStudioのバージョンを使用します。BoostとStanHeadersのパスで始まるコンパイラ出力を調べ、その結果を文書化されているtoolchainの設定と比較します。環境の不一致またはコンパイル失敗を特定し、動作する例を確認できれば完了です。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
評価
- 技術スタック
- r
- 領域
- build-system
- issue の種類
- バグ
- 難易度
- 4/5
- 見積もり時間
- 3〜5日
- 活発さ
- 停滞
- 明瞭さ
- 説明が足りない
- 初心者へのやさしさ
- 20/100