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Updated R to 3.6 and all hell broke loose

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Vorherrschende Sprache
R
Sterne
1.1k
Forks
266
Ø Merge
2 Std. 56 Min.
Gemergte PRs (30 T.)
1

Beschreibung

Summary:

Updated R and Rstudio, and all hell broke loose

Description:

I've been running the rethinking package, which uses rstan, for about 6 months - no problem. I updated R today, and all of a sudden things have gone haywire.

I uninstalled and re-installed rstan (and all other packages, for that matter), including updating Rtools. No luck. When I try to run the schools example directly from the Rstan "getting started" page, I get the error listed below

The C++ toolchain passes the test
I have also tried disabling the C++ toolchain configuration (which is noted to sometimes cause problems). No luck. Exact same issue.

I have de-installed and re-installed from scratch (R, then Rstan, then other toolboxes), but still no luck.

Any advice would be GREATLY appreciated. BTW - I'm just an ordinary scientist, not a developer or c-scientist ...so I would appreciate advice being "dummed down" as much as possible. TIA

Reproducible Steps:

Followed the steps on the Get Started page EXACTLY

Current Output:

Error in compileCode(f, code, language = language, verbose = verbose) :
Compilation ERROR, function(s)/method(s) not created! In file included from C:/Users/schwa/Documents/R/win-library/3.6/BH/include/boost/random/detail/integer_log2.hpp:19:0,
from C:/Users/schwa/Documents/R/win-library/3.6/BH/include/boost/random/detail/int_float_pair.hpp:26,
from C:/Users/schwa/Documents/R/win-library/3.6/BH/include/boost/random/exponential_distribution.hpp:27,
from C:/Users/schwa/Documents/R/win-library/3.6/BH/include/boost/random/gamma_distribution.hpp:25,
from C:/Users/schwa/Documents/R/win-library/3.6/StanHeaders/include/stan/math/prim/mat/prob/dirichlet_rng.hpp:5,
from C:/Users/schwa/Documents/R/win-library/3.6/StanHeaders/include/stan/math/prim/mat.hpp:276,
from C:/Users/schwa/Documents/R/win-library/3.6/StanHeaders/include/stan/math/rev/mat.hpp:12,
from C:/Users/schwa/Documents/R/win-library/3.6/StanHeaders/include/stan/math.hpp:4,

Error in sink(type = "output") : invalid connection

Expected Output:
RStan Version:

The version of RStan you are running (e.g., from packageVersion("rstan"))

R Version:

2.18.12

Operating System:

Windows 10

Beitragsleitfaden

Für dieses Repository ist kein Beitragsleitfaden indexiert

Erste Schritte

  1. Lies das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
  2. Schreib ins Issue, dass du es übernimmst — das erspart doppelte Arbeit.
  3. Forke das Repository und arbeite in einem Branch.
  4. Öffne einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.

Rechercherichtung

Beginne damit, das Schulen-Beispiel von der RStan Get Started-Seite unter Windows 10 zu reproduzieren, und verwende dabei die angegebenen Versionen von R, RStan, Rtools und RStudio. Untersuche die Compiler-Ausgabe, die mit den Boost- und StanHeaders-Pfaden beginnt, und vergleiche anschließend das Ergebnis mit der dokumentierten Toolchain-Konfiguration. Als erledigt gilt die Aufgabe, wenn die Abweichung in der Umgebung oder der Kompilierungsfehler identifiziert und ein funktionierendes Beispiel bestätigt wurde.

Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.

Bewertung

Tech-Stack
r
Bereich
build-system
Issue-Typ
Bug
Schwierigkeit
4/5
Geschätzter Aufwand
3-5 Tage
Aktivitätsstatus
Veraltet
Klarheit
Muss geklärt werden
Anfängerfreundlichkeit
20/100

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