stan-dev / stan-dev/rstan

Updated R to 3.6 and all hell broke loose

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Lingua principale
R
Stelle
1.1k
Fork
266
Merge medio
2h 56m
PR unite (30g)
1

Descrizione

Summary:

Updated R and Rstudio, and all hell broke loose

Description:

I've been running the rethinking package, which uses rstan, for about 6 months - no problem. I updated R today, and all of a sudden things have gone haywire.

I uninstalled and re-installed rstan (and all other packages, for that matter), including updating Rtools. No luck. When I try to run the schools example directly from the Rstan "getting started" page, I get the error listed below

The C++ toolchain passes the test
I have also tried disabling the C++ toolchain configuration (which is noted to sometimes cause problems). No luck. Exact same issue.

I have de-installed and re-installed from scratch (R, then Rstan, then other toolboxes), but still no luck.

Any advice would be GREATLY appreciated. BTW - I'm just an ordinary scientist, not a developer or c-scientist ...so I would appreciate advice being "dummed down" as much as possible. TIA

Reproducible Steps:

Followed the steps on the Get Started page EXACTLY

Current Output:

Error in compileCode(f, code, language = language, verbose = verbose) :
Compilation ERROR, function(s)/method(s) not created! In file included from C:/Users/schwa/Documents/R/win-library/3.6/BH/include/boost/random/detail/integer_log2.hpp:19:0,
from C:/Users/schwa/Documents/R/win-library/3.6/BH/include/boost/random/detail/int_float_pair.hpp:26,
from C:/Users/schwa/Documents/R/win-library/3.6/BH/include/boost/random/exponential_distribution.hpp:27,
from C:/Users/schwa/Documents/R/win-library/3.6/BH/include/boost/random/gamma_distribution.hpp:25,
from C:/Users/schwa/Documents/R/win-library/3.6/StanHeaders/include/stan/math/prim/mat/prob/dirichlet_rng.hpp:5,
from C:/Users/schwa/Documents/R/win-library/3.6/StanHeaders/include/stan/math/prim/mat.hpp:276,
from C:/Users/schwa/Documents/R/win-library/3.6/StanHeaders/include/stan/math/rev/mat.hpp:12,
from C:/Users/schwa/Documents/R/win-library/3.6/StanHeaders/include/stan/math.hpp:4,

Error in sink(type = "output") : invalid connection

Expected Output:
RStan Version:

The version of RStan you are running (e.g., from packageVersion("rstan"))

R Version:

2.18.12

Operating System:

Windows 10

Guida per i contributori

Nessuna guida per i contributori indicizzata per questo repository

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

Direzione di ricerca

Inizia riproducendo l’esempio schools dalla pagina RStan Get Started su Windows 10, utilizzando le versioni indicate di R, RStan, Rtools e RStudio. Esamina l’output del compilatore che inizia con i percorsi di Boost e StanHeaders, quindi confronta il risultato con la configurazione documentata della toolchain. Il lavoro è completo quando viene identificata la discrepanza nell’ambiente o l’errore di compilazione e viene confermato il funzionamento dell’esempio.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Valutazione

Stack tecnologico
r
Ambito
build-system
Tipo di issue
Bug
Difficoltà
4/5
Tempo stimato
3-5 giorni
Stato di attività
Ferma
Chiarezza
Da chiarire
Idoneità per principianti
20/100

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