Updated R to 3.6 and all hell broke loose
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- Lingua principale
- R
- Stelle
- 1.1k
- Fork
- 266
- Merge medio
- 2h 56m
- PR unite (30g)
- 1
Descrizione
Summary:
Updated R and Rstudio, and all hell broke loose
Description:
I've been running the rethinking package, which uses rstan, for about 6 months - no problem. I updated R today, and all of a sudden things have gone haywire.
I uninstalled and re-installed rstan (and all other packages, for that matter), including updating Rtools. No luck. When I try to run the schools example directly from the Rstan "getting started" page, I get the error listed below
The C++ toolchain passes the test
I have also tried disabling the C++ toolchain configuration (which is noted to sometimes cause problems). No luck. Exact same issue.
I have de-installed and re-installed from scratch (R, then Rstan, then other toolboxes), but still no luck.
Any advice would be GREATLY appreciated. BTW - I'm just an ordinary scientist, not a developer or c-scientist ...so I would appreciate advice being "dummed down" as much as possible. TIA
Reproducible Steps:
Followed the steps on the Get Started page EXACTLY
Current Output:
Error in compileCode(f, code, language = language, verbose = verbose) :
Compilation ERROR, function(s)/method(s) not created! In file included from C:/Users/schwa/Documents/R/win-library/3.6/BH/include/boost/random/detail/integer_log2.hpp:19:0,
from C:/Users/schwa/Documents/R/win-library/3.6/BH/include/boost/random/detail/int_float_pair.hpp:26,
from C:/Users/schwa/Documents/R/win-library/3.6/BH/include/boost/random/exponential_distribution.hpp:27,
from C:/Users/schwa/Documents/R/win-library/3.6/BH/include/boost/random/gamma_distribution.hpp:25,
from C:/Users/schwa/Documents/R/win-library/3.6/StanHeaders/include/stan/math/prim/mat/prob/dirichlet_rng.hpp:5,
from C:/Users/schwa/Documents/R/win-library/3.6/StanHeaders/include/stan/math/prim/mat.hpp:276,
from C:/Users/schwa/Documents/R/win-library/3.6/StanHeaders/include/stan/math/rev/mat.hpp:12,
from C:/Users/schwa/Documents/R/win-library/3.6/StanHeaders/include/stan/math.hpp:4,
Error in sink(type = "output") : invalid connection
Expected Output:
RStan Version:
The version of RStan you are running (e.g., from packageVersion("rstan"))
R Version:
2.18.12
Operating System:
Windows 10
Guida per i contributori
Nessuna guida per i contributori indicizzata per questo repository
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
Direzione di ricerca
Inizia riproducendo l’esempio schools dalla pagina RStan Get Started su Windows 10, utilizzando le versioni indicate di R, RStan, Rtools e RStudio. Esamina l’output del compilatore che inizia con i percorsi di Boost e StanHeaders, quindi confronta il risultato con la configurazione documentata della toolchain. Il lavoro è completo quando viene identificata la discrepanza nell’ambiente o l’errore di compilazione e viene confermato il funzionamento dell’esempio.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Valutazione
- Stack tecnologico
- r
- Ambito
- build-system
- Tipo di issue
- Bug
- Difficoltà
- 4/5
- Tempo stimato
- 3-5 giorni
- Stato di attività
- Ferma
- Chiarezza
- Da chiarire
- Idoneità per principianti
- 20/100