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Refactor Xenium + Visium paths and use better names
Aperta
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- Lingua principale
- Jupyter Notebook
- Stelle
- 67
- Fork
- 26
- Merge medio
- 4m
- PR unite (30g)
- 1
Descrizione
- all the paths used in notebooks
00_xenium_and_visium.ipynb,01_xenium_and_visium.ipynband02_xenium_and_visium.ipynbshould be placed in aconfig.pyfile -
sandbox.zarrwas a poorly chosen name, rename it tomanual_annotations.zarr. I have already made a copy in the S3 bucket of that file (so that now bothsandbox.zarr.zipandmanual_annotations.zarr.zipare present), so one needs just to adjust the notebooks.
Guida per i contributori
Nessuna guida per i contributori indicizzata per questo repository
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
Direzione di ricerca
Inizia con i percorsi in 00_xenium_and_visium.ipynb, 01_xenium_and_visium.ipynb e 02_xenium_and_visium.ipynb, quindi verifica come config.py dovrebbe contenerli. Aggiorna i notebook affinché utilizzino manual_annotations.zarr invece di sandbox.zarr e verifica che tutti i percorsi siano centralizzati e che venga fatto riferimento alla copia S3 rinominata.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Valutazione
- Stack tecnologico
- jupyter-notebook, python
- Ambito
- documentation
- Tipo di issue
- Refactoring
- Difficoltà
- 3/5
- Tempo stimato
- 1-2 giorni
- Stato di attività
- Ferma
- Chiarezza
- Specificata chiaramente
- Idoneità per principianti
- 45/100