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Refactor Xenium + Visium paths and use better names
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- Langage dominant
- Jupyter Notebook
- Étoiles
- 67
- Forks
- 26
- Merge moyen
- 4 min
- PR mergées (30 j)
- 1
Description
- all the paths used in notebooks
00_xenium_and_visium.ipynb,01_xenium_and_visium.ipynband02_xenium_and_visium.ipynbshould be placed in aconfig.pyfile -
sandbox.zarrwas a poorly chosen name, rename it tomanual_annotations.zarr. I have already made a copy in the S3 bucket of that file (so that now bothsandbox.zarr.zipandmanual_annotations.zarr.zipare present), so one needs just to adjust the notebooks.
Guide de contribution
Aucun guide de contribution indexé pour ce dépôt
Par où commencer
- Lisez l'issue en entier, puis le guide de contribution du projet.
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Piste de recherche
Commencez par les chemins dans 00_xenium_and_visium.ipynb, 01_xenium_and_visium.ipynb et 02_xenium_and_visium.ipynb, puis examinez comment config.py devrait les contenir. Mettez à jour les notebooks pour utiliser manual_annotations.zarr au lieu de sandbox.zarr et vérifiez que tous les chemins sont centralisés et que la copie S3 renommée est référencée.
Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.
Évaluation
- Stack technique
- jupyter-notebook, python
- Domaine
- documentation
- Type d'issue
- Refactorisation
- Difficulté
- 3/5
- Temps estimé
- 1-2 jours
- Activité
- À l'abandon
- Clarté
- Clairement spécifiée
- Accessibilité débutants
- 45/100